ความแตกต่างที่สำคัญ – โพรบเทียบกับไพรเมอร์
โพรบโมเลกุลเป็นชิ้นส่วน DNA หรือ RNA ขนาดเล็กที่รับรู้ลำดับที่เสริมกันใน DNA หรือ RNA และอนุญาตให้ระบุลำดับเป้าหมายได้ ไพรเมอร์เป็นดีเอ็นเอหรืออาร์เอ็นเอสายเล็กๆ ซึ่งทำหน้าที่เป็นจุดเริ่มต้นสำหรับการสังเคราะห์ดีเอ็นเอ ไพรเมอร์และโพรบผสมพันธุ์กับนิวคลีโอไทด์เสริมของ DNA แม่แบบหรือ DNA เป้าหมาย อย่างไรก็ตาม ข้อแตกต่างที่สำคัญระหว่างโพรบและไพรเมอร์คือ ไพรเมอร์จำเป็นสำหรับการจำลองดีเอ็นเอ ในขณะที่โพรบจำเป็นสำหรับการตรวจจับลำดับเฉพาะใน DNA ตัวอย่าง
โพรบคืออะไร
โพรบคือชิ้นส่วนเล็กๆ ของ DNA หรือ RNA ที่ใช้ในการตรวจหา DNA หรือ RNA เป้าหมายในตัวอย่างโดยการผสมแบบโมเลกุลพวกเขายังเป็นที่รู้จักกันในนามเครื่องหมายโมเลกุล ความยาวของโพรบสามารถเปลี่ยนแปลงได้ (100 ถึง 1,000 เบส) และนิวคลีโอไทด์ของโพรบเป็นส่วนเสริมกับส่วนของลำดับเป้าหมาย เพื่อความสะดวกในการตรวจจับ หัววัดจะติดฉลากด้วยไอโซโทปกัมมันตภาพรังสี หรือด้วยสีย้อมเรืองแสงหรือแอนติบอดี โพรบจับกับฐานเสริมของลำดับเป้าหมายและเผยให้เห็นการมีอยู่ของ DNA หรือ RNA เป้าหมายในตัวอย่าง มีสองวิธีหลักในการติดฉลากโพรบ: การติดฉลากสิ้นสุดและการแปลชื่อเล่น โพรบถูกแบ่งออกเป็นประเภทต่าง ๆ รวมถึงโพรบ DNA, โพรบอาร์เอ็นเอ, โพรบ cDNa และโพรบโอลิโกนิวคลีโอไทด์สังเคราะห์ และโพรบเหล่านี้ถูกจัดเตรียมโดยใช้เทคนิคที่แตกต่างกัน
โพรบเป็นเครื่องมือสำคัญในหลายด้านของจุลินทรีย์และโมเลกุล เช่น ไวรัสวิทยา พยาธิวิทยาทางนิติเวช การทดสอบความเป็นพ่อ ลายนิ้วมือ DNA การตรวจหาโรคทางพันธุกรรม RFLP โมเลกุล cytogenetics การผสมพันธุ์ในแหล่งกำเนิด เป็นต้น
รูปที่ 01: โพรบติดฉลากเรืองแสงที่ใช้ใน FISH สำหรับการตรวจหาเชื้อโรค
ไพรเมอร์คืออะไร
Primer เป็น DNA หรือ RNA Fragment สั้น ๆ ซึ่งทำหน้าที่เป็นผู้ริเริ่มสำหรับการสังเคราะห์ DNA เอ็นไซม์ DNA polymerase เพิ่มนิวคลีโอไทด์ไปยังกลุ่ม OH 3’ ของลำดับไพรเมอร์ และสังเคราะห์สายใหม่ประกอบกับ DNA แม่แบบ ไพรเมอร์เป็นชิ้นส่วนที่สั้นมาก โดยมีความยาว 18 ถึง 20 นิวคลีโอไทด์ พวกมันถูกสังเคราะห์ทางเคมีในห้องปฏิบัติการสำหรับการขยาย DNA ในหลอดทดลอง (PCR) ไพรเมอร์สามารถมีลำดับของนิวคลีโอไทด์ได้เนื่องจากได้รับการออกแบบโดยผู้ใช้ พวกมันถูกสังเคราะห์เพื่อให้เข้ากับฐานเสริมของ DNA แม่แบบ ดังนั้นจึงสามารถมีลำดับของนิวคลีโอไทด์ได้ ไพรเมอร์มีความสำคัญสูงสุดสำหรับการจำลองแบบของ DNA เนื่องจาก DNA polymerase ไม่สามารถสังเคราะห์ DNA ใหม่ได้หากไม่มี DNA ที่มีอยู่ก่อน เมื่อออกแบบไพรเมอร์สำหรับ PCR จะต้องพิจารณาสิ่งต่อไปนี้:
- ไพรเมอร์ควรมีนิวคลีโอไทด์เสริมที่ด้านขนาบข้างของ DNA ที่ต้องการขยาย
- ไพรเมอร์ควรมีอุณหภูมิหลอมเหลวระหว่าง 55 – 65 0C
- G และ C เนื้อหาควรอยู่ระหว่าง 50 ถึง 60%
ไพรเมอร์สองตัวถูกใช้ใน PCR ไปข้างหน้าและย้อนกลับเพื่อทำซ้ำ DNA ตัวอย่างทั้งสองเส้น ไพรเมอร์มักใช้ในการจัดลำดับ PCR และ DNA
รูปที่ 02: การหลอมรองพื้นใน PCR
โพรบกับไพรเมอร์ต่างกันอย่างไร
โพรบกับไพรเมอร์ |
|
| โพรบคือชิ้นส่วนเล็กๆ ของ DNA/RNA ที่ใช้ตรวจจับลำดับเป้าหมายในตัวอย่างโดยการผสมโมเลกุล | ไพรเมอร์คือดีเอ็นเอหรืออาร์เอ็นเอสายเล็กๆ ที่ทำหน้าที่เป็นจุดเริ่มต้นสำหรับการจำลองดีเอ็นเอ |
| Function | |
| ตรวจจับว่ามีลำดับเฉพาะในตัวอย่าง DNA หรือ RNA | เป็นจุดเริ่มต้นของการสังเคราะห์ดีเอ็นเอ |
| ความยาว | |
| ความยาวสามารถอยู่ในช่วง 100 – 1,000 เบส | ความยาวโดยทั่วไปประมาณ 18 – 20 เบส |
| ผูกกับลำดับเสริม | |
| โพรบผสมกับฐานเสริมของลำดับเป้าหมาย | ไพรเมอร์หลอมด้วยฐานเสริมของสายดีเอ็นเอ |
| การติดฉลาก | |
| หัววัดมีป้ายกำกับเพื่อความสะดวกในการตรวจจับ | สีรองพื้นโดยทั่วไปจะไม่มีป้ายกำกับ |
| ใช้ใน PCR | |
| ไม่ได้ใช้โพรบใน PCR | ไพรเมอร์ที่ใช้ใน PCR |
สรุป – โพรบ vs ไพรเมอร์
โพรบคือชิ้นส่วนเล็กๆ ของลำดับดีเอ็นเอหรืออาร์เอ็นเอที่สามารถผสมพันธุ์กับนิวคลีโอไทด์เสริมเพื่อตรวจจับลำดับเป้าหมายในตัวอย่างได้ โพรบจะติดฉลากกัมมันตภาพรังสี ภูมิคุ้มกัน หรือเรืองแสงเพื่อดูการมีอยู่ของลำดับเป้าหมาย ไพรเมอร์เป็นชิ้นส่วน DNA หรือ RNA ที่มีขนาดเล็กมากซึ่งทำหน้าที่เป็นจุดเริ่มต้นสำหรับการขยาย DNA ในหลอดทดลอง DNA polymerase ระบุไพรเมอร์กลุ่ม OH 3’ และเริ่มสร้างเกลียวใหม่ที่ประกอบเข้ากับเทมเพลต โพรบและไพรเมอร์ทำงานคล้ายกันโดยการผสมพันธุ์กับนิวคลีโอไทด์เสริมดังนั้น ความแตกต่างที่สำคัญระหว่างโพรบและไพรเมอร์คือฟังก์ชันเฉพาะของพวกมัน