ความแตกต่างที่สำคัญ – ไพรเมอร์ PCR เทียบกับไพรเมอร์ลำดับ
ด้วยการพัฒนาล่าสุดในด้านอณูชีววิทยา เทคนิคทางพันธุกรรมที่แตกต่างกันได้รับการพัฒนาซึ่งทำให้กระบวนการสอบสวนของวิธีการต่างๆ ในเรื่องนั้นง่ายและแม่นยำ PCR และขั้นตอนการจัดลำดับอื่น ๆ เป็นเทคนิคที่สำคัญสองประการ พวกเขาใช้องค์ประกอบย่อยที่แตกต่างกัน ไพรเมอร์ถือเป็นส่วนประกอบย่อยที่สำคัญร่วมกันของทั้งเทคนิค PCR และการจัดลำดับ ไพรเมอร์ PCR ใช้สำหรับการขยายลำดับดีเอ็นเอเฉพาะในขณะที่ไพรเมอร์สำหรับการจัดลำดับจะใช้ในบริบทของการจัดลำดับชิ้นส่วนดีเอ็นเอด้วยความตั้งใจที่จะเปิดเผยลำดับเฉพาะของลำดับนิวคลีโอไทด์นี่คือข้อแตกต่างที่สำคัญระหว่างไพรเมอร์ PCR และไพรเมอร์สำหรับการจัดลำดับ
ไพรเมอร์ PCR คืออะไร
Polymerase Chain Reaction (PCR) เป็นเทคนิคทางพันธุกรรมที่ใช้ในด้านอณูชีววิทยาเพื่อขยายสำเนาส่วนเดียวหรือสองสามสำเนาของส่วน DNA เฉพาะและเพื่อให้ได้สำเนาที่เหมือนกันหลายล้านชุด ในปฏิกิริยา PCR จะใช้ส่วนประกอบต่างๆ รวมทั้งไพรเมอร์ ไพรเมอร์เป็นสายดีเอ็นเอสั้นที่มีความยาวนิวคลีโอไทด์ 18-25 ทำให้เข้ากันได้กับส่วนเริ่มต้นและส่วนท้ายของชิ้นส่วนดีเอ็นเอที่จะขยาย ไพรเมอร์สามารถเป็นไพรเมอร์ไปข้างหน้าและไพรเมอร์ย้อนกลับ ไพรเมอร์เหล่านี้จับกับชิ้นส่วนของ DNA ที่จุดเฉพาะที่ทำให้ DNA polymerase จับกับไพรเมอร์เฉพาะที่ตำแหน่งนั้น และเริ่มการสังเคราะห์สาย DNA ใหม่
การเลือกไพรเมอร์เป็นส่วนสำคัญของกระบวนการ PCR การเลือกความยาวของไพรเมอร์เป็นสิ่งสำคัญ ความยาวในอุดมคติคือ 18-25 นิวคลีโอไทด์หากความยาวสั้นหรือยาวเกินไป ไพรเมอร์จะไม่จับกับลำดับดีเอ็นเอเพื่อให้ขยายได้อย่างแม่นยำ ไพรเมอร์ที่มีความยาวสั้นเกินไปนำไปสู่การหลอมไพรเมอร์ที่ไม่เฉพาะเจาะจงที่ตำแหน่งต่างๆ ของลำดับดีเอ็นเอ
รูปที่ 01: ไพรเมอร์ PCR
เนื้อหา Guanine และ Cytosine (GC) ในไพรเมอร์ที่ดีควรอยู่ในช่วง 40-60 อุณหภูมิหลอมเหลวของไพรเมอร์และอุณหภูมิหลอมเหลวเป็นปัจจัยสำคัญระหว่างการทำ PCR ควรคำนวณอุณหภูมิหลอมเหลวอย่างแม่นยำ และอุณหภูมิหลอมเหลวของไพรเมอร์ควรเท่ากับ 5 0C น้อยกว่าอุณหภูมิหลอมเหลว อุณหภูมิหลอมเหลวควรอยู่ที่ 60 °C และ 75 °C อุณหภูมิที่สูงหรือต่ำเกินไปจะส่งผลให้กิจกรรมของ DNA polymerase ทำงานน้อยลง
ไพรเมอร์ลำดับคืออะไร
Sequencing primers ใช้ในบริบทของการจัดลำดับชิ้นส่วน DNA โดยมีจุดประสงค์เพื่อเปิดเผยเอกลักษณ์เฉพาะของมัน เพื่อให้ได้ผลลัพธ์การจัดลำดับที่ดี ไพรเมอร์และเทมเพลตคุณภาพสูงเป็นสิ่งสำคัญ ดังนั้น เมื่อเลือกไพรเมอร์แล้ว ไพรเมอร์ควรมีลักษณะเฉพาะสำหรับภูมิภาคใดภูมิภาคหนึ่งที่เราต้องการที่จะจัดลำดับ นอกจากนี้ยังควรมีการวางแนวที่ถูกต้องซึ่งโดยปกติลำดับจะถูกสร้างขึ้นจากปลายไพรเมอร์ 3 'ถึง 5' ลำดับควรจะขาด self-hybridization ที่ไม่พึงปรารถนา เช่น การก่อตัวของกิ๊บติดผม ไม่ควรมีฐานกวานีนต่อเนื่องกัน
อุณหภูมิหลอมเหลว (Tm) ของไพรเมอร์ต้องเหมาะสมกับเงื่อนไขของการจัดลำดับ ดังนั้นควรอยู่ระหว่าง 52oC และ 74oC การเตรียมโอลิโกนิวคลีโอไทด์เพื่อใช้เป็นไพรเมอร์ควรถูกทำให้บริสุทธิ์เพื่อให้ได้ลำดับตามความยาวที่ต้องการ ถ้าโอลิโกนิวคลีโอไทด์มีสิ่งเจือปน การส่งสัญญาณลำดับไพรเมอร์จะถูกซ้อนทับจากตำแหน่งไพรเมอร์ที่ต่างกัน และจะลดจำนวนเซลล์ฐานด้วย
รูปที่ 02: ไพรเมอร์ลำดับ
อุณหภูมิหลอมเหลวของไพรเมอร์ (Tm) ของโอลิโกนิวคลีโอไทด์เป็นตัวกำหนดว่าสาย DNA ที่เสริมกันจะถูกผสมระหว่างกันอย่างไร Tm ถือได้ว่าเป็นการคำนวณทางอุณหพลศาสตร์ ซึ่งขึ้นอยู่กับทั้งลำดับดีเอ็นเอและเงื่อนไขต่างๆ เช่น ความเข้มข้นของเกลือ Tm มีความสำคัญระหว่าง PCR โดยที่แวเรียนต์ที่เรียกว่าการหาลำดับตามรอบถูกใช้เพื่อผลิตกลุ่มของชิ้นส่วนที่สิ้นสุดด้วยไดดีออกซีนิวคลีโอไทด์ ในที่นี้ ไพรเมอร์ที่ถูกจัดลำดับจะเริ่มอบอ่อนในอีกทางหนึ่ง จากนั้นจึงยืดออกและสุดท้ายทำให้เสียสภาพสำหรับการขยายเสียง ดังนั้น ค่า Tm ควรอยู่ระหว่าง 52oC และ 74o C. โอลิโกนิวคลีโอไทด์สังเคราะห์สามารถรับได้จากห้องปฏิบัติการสังเคราะห์ DNA/RNA ตามเงื่อนไข ทางเลือก.การสังเคราะห์ขนาดเล็กที่ใช้สำหรับการจัดลำดับ DNA มักจะเป็น 50 nmol สิ่งสำคัญที่สุดคือไพรเมอร์ที่ใช้สำหรับการจัดลำดับควรถูกทำให้บริสุทธิ์เพื่อให้ปราศจากสิ่งเจือปนที่จะป้องกันไม่ให้คุณภาพลดลง
ความคล้ายคลึงกันระหว่างไพรเมอร์ PCR และไพรเมอร์ลำดับคืออะไร
- ทั้งไพรเมอร์ PCR และไพรเมอร์ลำดับเป็นไพรเมอร์ที่ใช้ในกระบวนการขยายสัญญาณของลำดับดีเอ็นเอเป้าหมาย
- ทั้งไพรเมอร์ PCR และไพรเมอร์ลำดับประกอบด้วยนิวคลีโอไทด์
- ทั้งไพรเมอร์ PCR และไพรเมอร์ลำดับเป็นโอลิโกเมอร์แบบสั้น
ความแตกต่างระหว่างไพรเมอร์ PCR และไพรเมอร์สำหรับลำดับคืออะไร
ไพรเมอร์ PCR เทียบกับไพรเมอร์ลำดับ |
|
| PCR ไพรเมอร์เป็นสาย DNA สั้นที่มีความยาวลำดับนิวคลีโอไทด์ 18-25 ทำให้เข้ากันได้กับส่วนเริ่มต้นและส่วนท้ายของชิ้นส่วน DNA ที่จะขยาย | Sequencing primers เป็นโอลิโกเมอร์แบบสั้นที่ใช้ในบริบทของการจัดลำดับชิ้นส่วน DNA โดยมีจุดประสงค์เพื่อเปิดเผยเอกลักษณ์เฉพาะของมัน |
| ฟังก์ชั่น | |
| PCR ไพรเมอร์ใช้สำหรับขยายลำดับดีเอ็นเอเฉพาะ | Sequencing primers ใช้ในบริบทของการจัดลำดับชิ้นส่วน DNA โดยมีจุดประสงค์เพื่อเปิดเผยเอกลักษณ์เฉพาะของมัน |
| จำนวนไพรเมอร์ที่จำเป็น | |
| ไพรเมอร์สองตัว; ไพรเมอร์ไปข้างหน้าหนึ่งตัวและไพรเมอร์ย้อนกลับหนึ่งตัวใช้เป็นไพรเมอร์ PCR | ต้องการไพรเมอร์เพียงตัวเดียวในการจัดลำดับ |
สรุป – PCR Primers vs Sequencing Primers
Sequencing primers ใช้ในบริบทของการจัดลำดับชิ้นส่วน DNA โดยมีจุดประสงค์เพื่อเปิดเผยเอกลักษณ์เฉพาะของมันไพรเมอร์สำหรับการจัดลำดับเพียงอย่างเดียวก็เพียงพอแล้วสำหรับการดำเนินการ เพื่อให้ได้ผลลัพธ์การจัดลำดับที่ดี ไพรเมอร์และเทมเพลตคุณภาพสูงจึงมีความสำคัญ ดังนั้น เมื่อเลือกไพรเมอร์แล้ว ไพรเมอร์ควรมีลักษณะเฉพาะสำหรับภูมิภาคใดภูมิภาคหนึ่งที่เราต้องการที่จะจัดลำดับ PCR Primers เป็นสาย DNA สั้นที่มีความยาวนิวคลีโอไทด์ 18-25 ซึ่งเข้ากันได้กับส่วนเริ่มต้นและส่วนท้ายของชิ้นส่วน DNA ที่จะขยาย ไพรเมอร์ PCR สามารถเป็นไพรเมอร์ไปข้างหน้าและไพรเมอร์ย้อนกลับ เนื้อหา Guanine และ Cytosine (GC) ในไพรเมอร์ที่ดีควรอยู่ในช่วง 40-60 อุณหภูมิหลอมเหลวของไพรเมอร์และอุณหภูมิหลอมเหลวมีความสำคัญระหว่าง PCR นี่คือข้อแตกต่างระหว่างไพรเมอร์ PCR และไพรเมอร์ลำดับ
