ความแตกต่างที่สำคัญ – Exome vs RNA Sequencing
การหาลำดับกรดนิวคลีอิกเป็นเทคนิคที่กำหนดลำดับของนิวคลีโอไทด์ในชิ้นส่วนเฉพาะของ DNA หรือ RNA ของสิ่งมีชีวิต การจัดลำดับมีความสำคัญในการระบุ DNA และ RNA ที่แต่งขึ้นของเซลล์และแยกแยะยีนบางตัวซึ่งเป็นรหัสสำหรับโปรตีนที่ใช้งานได้ ดังนั้น การจัดลำดับสามารถใช้เพื่อทำความเข้าใจการกลายพันธุ์ของยีนและการแสดงออกของยีนเหล่านี้ วิธี Sanger Sequencing หรือวิธีการจัดลำดับ Next generation ขั้นสูงเป็นวิธีการจัดลำดับที่ใช้กันทั่วไป การจัดลำดับ Exome คือการหาลำดับของชุดที่สมบูรณ์ของ exons หรือการเข้ารหัสบริเวณ DNA ที่มีอยู่ในสิ่งมีชีวิตในขณะที่การจัดลำดับ RNA เป็นขั้นตอนการจัดลำดับของกรด Ribonucleic (RNA)นี่คือข้อแตกต่างที่สำคัญระหว่างการจัดลำดับ exome และ RNA
Exome Sequencing คืออะไร
Exome เป็นเซตย่อยของจีโนมซึ่งประกอบด้วยยีนเข้ารหัสของสิ่งมีชีวิตโดยเฉพาะ ยีนการเข้ารหัสถูกตั้งชื่อเป็น exons และถูกคัดลอกเป็น mRNA จากนั้นแปลเป็นลำดับกรดอะมิโน ในระหว่างการดัดแปลงหลังการถอดรหัส กลไกการประกบอาร์เอ็นเอในยูคาริโอตจะขจัดอินตรอน (บริเวณที่ไม่มีการเข้ารหัส) และเอ็กซอนยังคงอยู่ มีสองเทคนิคหลักในการจัดลำดับ exome: ตามโซลูชันและตามอาร์เรย์
ในการหาลำดับเอ็กโซมแบบใช้สารละลาย ตัวอย่างดีเอ็นเอจะถูกแยกส่วนโดยใช้เอ็นไซม์จำกัดหรือวิธีการทางกลอย่างใดอย่างหนึ่งและถูกทำให้เสียสภาพด้วยความร้อน ในเทคนิคนี้ โพรบ (เหยื่อ) ของโอลิโกนิวคลีโอไทด์ที่ถูกเติมไบโอตินจะถูกใช้ในการผสมพันธุ์แบบคัดเลือกกับบริเวณเป้าหมายในจีโนม ลูกปัดแม่เหล็กสเตรปทาวิดินใช้สำหรับขั้นตอนการผูก การเข้าเล่มจะตามมาด้วยขั้นตอนการล้างซึ่งลำดับที่ไม่ได้ผูกและไม่ได้กำหนดเป้าหมายจะถูกชะล้างออกไปเป้าหมายที่ถูกผูกไว้จะถูกขยายโดยใช้ปฏิกิริยาลูกโซ่โพลิเมอร์ (PCR) จากนั้นจึงจัดลำดับโดยใช้การจัดลำดับ Sanger หรือเทคนิคการจัดลำดับยุคต่อไป
รูปที่ 01: Exome Sequencing
วิธีการแบบ Array ก็คล้ายกับวิธีการแบบ Solution เช่นกัน ยกเว้นว่าชิ้นส่วน DNA จะถูกจับเข้าไปในไมโครอาร์เรย์ จากนั้นการผูกมัดและขั้นตอนการซักจะตามมาก่อนที่จะทำการจัดลำดับ
การจัดลำดับแบบ Exome ถูกนำมาใช้ในหลาย ๆ ด้าน เช่น การวินิจฉัยโรคทางพันธุกรรม ยีนบำบัด การระบุเครื่องหมายทางพันธุกรรมที่แปลกใหม่ ในการเกษตรเพื่อระบุลักษณะทางการเกษตรที่เป็นประโยชน์ต่างๆ และในขั้นตอนการปรับปรุงพันธุ์พืช
การจัดลำดับ RNA คืออะไร
RNA การจัดลำดับขึ้นอยู่กับการถอดรหัสซึ่งเป็นสำเนาที่สมบูรณ์ของเซลล์เป้าหมายหลักของการจัดลำดับอาร์เอ็นเอคือการทำรายการทุกประเภทของการถอดเสียง รวมทั้ง mRNA, RNA ที่ไม่มีการเข้ารหัส และ RNA ขนาดเล็ก เพื่อกำหนดโครงสร้างการถอดรหัสของยีนและหาปริมาณระดับการแสดงออกของการถอดเสียงแต่ละรายการในระหว่างการพัฒนา ในระหว่างการหาลำดับ RNA เทคโนโลยีไฮบริไดเซชัน (ซึ่งเป็น DNA เสริมที่ได้มาจากลำดับ mRNA ที่เจริญเต็มที่) ถูกใช้ในขั้นต้นสำหรับการจัดลำดับ ปัจจุบันมีการใช้เทคนิคการส่งผ่านข้อมูลขั้นสูงที่แม่นยำยิ่งขึ้นสำหรับการจัดลำดับ RNA
รูปที่ 02: การจัดลำดับอาร์เอ็นเอ
ในการจัดลำดับ RNA ตัวอย่างของ RNA ที่สามารถเป็น RNA ทั้งหมดหรือ RNA แบบแยกส่วนจะถูกแปลงเป็น DNA เสริม (cDNA) โดยใช้การถอดรหัสแบบย้อนกลับ และคลัง cDNA ก็เตรียมไว้ แต่ละส่วน cDNA แนบกับอะแดปเตอร์ทั้งสองด้าน (การจัดลำดับปลายคู่) หรือด้านหนึ่ง (การจัดลำดับปลายด้านเดียว)ลำดับที่แท็กเหล่านี้ได้รับการจัดลำดับโดยใช้การจัดลำดับ Sanger หรือรุ่นถัดไป เช่น ลำดับ exome
ความคล้ายคลึงกันระหว่างการจัดลำดับ Exome และ RNA คืออะไร
- ส่วนย่อยที่เลือกสั้นหรือทั้งชุดของ DNA / RNA สามารถใช้สำหรับการจัดลำดับ Exome หรือ RNA
- ชิ้นส่วนที่ต่อเนื่องกันจะถูกเก็บไว้ในห้องสมุด
- Sanger sequencing หรือ Next Generation sequencing สามารถใช้ได้
- ทั้งสองวิธีในหลอดทดลอง
- ชิ้นส่วนที่เรียงลำดับสามารถกำหนดได้ด้วยแท็กเรืองแสง
ความแตกต่างระหว่างการจัดลำดับ Exome และ RNA คืออะไร
Exome กับ RNA Sequencing |
|
| Exome sequencing คือการจัดลำดับของ exons ที่สมบูรณ์หรือขอบเขต DNA ที่เข้ารหัสที่มีอยู่ในสิ่งมีชีวิต | RNA sequencing หมายถึงขั้นตอนการหาลำดับของกรดไรโบนิวคลีอิก (RNA); ทรานสคริปต์ |
| ตัวอย่างเริ่มต้น | |
| จีโนมดีเอ็นเอคือตัวอย่างเริ่มต้นของการจัดลำดับแบบเอ็กโซม | RNA เป็นตัวอย่างเริ่มต้นของการจัดลำดับ RNA |
| องค์ประกอบ | |
| มีเฉพาะบริเวณที่เข้ารหัสของ DNA ทั้งหมดที่เรียกว่า Exons | มี RNA-mRNA / transcriptome |
| ลำดับ | |
| การจัดลำดับ exome มีสองวิธีหลัก เทคโนโลยีที่ใช้โซลูชันและอาร์เรย์ | RNA sequence ทำได้โดยการจัดเตรียมไลบรารี cDNA โดยแยก RNA ทั้งหมดหรือ RNA ที่แยกส่วน |
สรุป – Exome vs RNA Sequencing
Exome เป็นชุดที่สมบูรณ์ของขอบเขตการเข้ารหัสของสิ่งมีชีวิต และเทคนิคที่เกี่ยวข้องกับการกำหนดลำดับนิวคลีโอไทด์ที่แน่นอนของ Exome เรียกว่าการจัดลำดับแบบเอ็กซ์โซม การจัดลำดับอาร์เอ็นเอเป็นเทคนิคที่เกี่ยวข้องกับการกำหนดลำดับนิวคลีโอไทด์ของอาร์เอ็นเอของสิ่งมีชีวิต นี่คือความแตกต่างระหว่างการจัดลำดับ exome และ RNA
ดาวน์โหลดเวอร์ชัน PDF ของ Exome vs RNA Sequencing
คุณสามารถดาวน์โหลดไฟล์ PDF ของบทความนี้และใช้เพื่อวัตถุประสงค์ออฟไลน์ตามหมายเหตุอ้างอิง โปรดดาวน์โหลดไฟล์ PDF ที่นี่ความแตกต่างระหว่างการจัดลำดับ Exome และ RNA
