ความแตกต่างที่สำคัญ – AFLP vs RFLP
การศึกษา DNA มีความสำคัญอย่างมากในการทำความเข้าใจและกำหนดความสัมพันธ์ทางสายวิวัฒนาการ การวินิจฉัยโรคทางพันธุกรรม และการทำแผนที่จีโนมของสิ่งมีชีวิต เทคนิคหลายอย่างที่เกี่ยวข้องกับการวิเคราะห์ดีเอ็นเอยังใช้เพื่อระบุยีนเฉพาะหรือลำดับดีเอ็นเอในกลุ่มดีเอ็นเอที่ไม่รู้จัก พวกมันเรียกว่าเครื่องหมายโมเลกุล Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) และ Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) เป็นเครื่องหมายโมเลกุล (วิธีการ) สองแบบที่พัฒนาขึ้นในอณูชีววิทยาเพื่อตรวจหาการเปลี่ยนแปลงทางพันธุกรรมระหว่างสิ่งมีชีวิต ทั้งสองวิธีมีความสำคัญเท่าเทียมกันและมีข้อดีและข้อเสียความแตกต่างที่สำคัญระหว่าง AFLP และ RFLP คือ AFLP เกี่ยวข้องกับการขยาย PCR แบบเลือกของ DNA ที่ย่อยแล้ว ในขณะที่ RFLP ไม่เกี่ยวข้องกับการขยาย PCR แบบเลือกของชิ้นส่วน DNA
AFLP คืออะไร
AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) เป็นเครื่องมือที่สำคัญในอณูชีววิทยาและมีการใช้อย่างกว้างขวางในการวิเคราะห์ความผันแปรทางพันธุกรรม AFLP ขึ้นอยู่กับการขยาย PCR เฉพาะของ DNA จีโนมที่กระจัดกระจายและการตรวจจับความหลากหลายโดยการทำ autoradiographs ผ่านเจลอิเล็กโตรโฟรีซิส AFLP มีส่วนอย่างมากในการระบุความแตกต่างทางพันธุกรรมในสายพันธุ์หรือสายพันธุ์ที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดของอาณาจักรต่างๆ รวมทั้งพืช สัตว์ แบคทีเรีย และเชื้อรา AFLP สามารถทำได้ด้วยตัวอย่าง DNA ที่ไม่รู้จักจำนวนเล็กน้อย ไม่จำเป็นต้องมีความรู้เกี่ยวกับลำดับและการออกแบบโพรบล่วงหน้า
ขั้นตอนของ AFLP
- การแยก DNA
- การย่อย DNA ที่มีเอ็นโดนิวคลีเอสจำกัด
- การผูกมัดของชิ้นส่วนดีเอ็นเอที่ถูกจำกัดด้วยอะแด็ปเตอร์
- ขยายการเลือกของส่วนย่อยที่มีไซต์จำกัดเฉพาะ
- การแยกผลิตภัณฑ์ PCR ด้วยเจลอิเล็กโตรโฟรีซิส
- การสร้างภาพเมทริกซ์เจลด้วยภาพรังสีอัตโนมัติ
AFLP เป็นวิธีที่ละเอียดอ่อนและทำซ้ำได้ซึ่งสามารถนำไปใช้ในการทำโปรไฟล์ DNA ของแท็กซ่าต่างๆ รวมถึงเชื้อรา แบคทีเรีย พืชและสัตว์โดยไม่ต้องมีความรู้เกี่ยวกับลำดับ DNA มาก่อน ช่วยในการระบุความแตกต่างเล็กน้อยระหว่างบุคคลในประชากรเนื่องจากลักษณะที่มีความไวสูง AFLP ยังมีความสำคัญในการทำแผนที่จีโนม, การศึกษาทางนิติเวช, การทดสอบโดยผู้ปกครอง, การสร้างยีน เป็นต้น
รูปที่ 01: AFLP
RFLP คืออะไร
Restriction Fragment Length Polymorphisms (RFLPs) เป็นเทคนิคที่ใช้ในการตรวจหาการเปลี่ยนแปลงทางพันธุกรรมในลำดับดีเอ็นเอที่คล้ายคลึงกันเป็นวิธีแรกที่พัฒนาขึ้นสำหรับการทำโปรไฟล์ดีเอ็นเอ สิ่งมีชีวิตมีลายพิมพ์ดีเอ็นเอเฉพาะหรือโปรไฟล์ดีเอ็นเอ RFLP ทำหน้าที่เป็นเครื่องมือสำคัญในการวิเคราะห์ความผันแปรระหว่างโปรไฟล์ดีเอ็นเอของสิ่งมีชีวิตภายในหรือที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิด เนื่องจากลำดับที่คล้ายคลึงกันมีไซต์การจำกัด (ตำแหน่ง) ที่แตกต่างกันซึ่งเป็นเอกลักษณ์เฉพาะของสิ่งมีชีวิตหนึ่งๆ เมื่อ DNA ที่คล้ายคลึงกันถูกย่อยด้วยเอ็นโดนิวคลีเอสที่มีข้อจำกัดจำเพาะ มันจะส่งผลให้เกิดโปรไฟล์ DNA ที่แตกต่างกันซึ่งมีเอกลักษณ์เฉพาะสำหรับแต่ละบุคคล ดังนั้น หลักการของวิธีนี้คือการตรวจหาความแปรผันทางพันธุกรรมของสิ่งมีชีวิตโดยการจำกัด DNA ที่คล้ายคลึงกันด้วยเอ็นไซม์การจำกัดจำเพาะและการวิเคราะห์ความแตกต่างของความยาวชิ้นส่วนด้วยเจลอิเล็กโตรโฟรีซิสและการซับ รูปแบบการซับจะไม่ซ้ำกันสำหรับสิ่งมีชีวิตแต่ละชนิดและแสดงถึงลักษณะเฉพาะของจีโนไทป์
ขั้นตอนของ RFLP
- การแยกดีเอ็นเอออกจากตัวอย่างในปริมาณที่เพียงพอ
- การแยกส่วนของตัวอย่าง DNA ที่มีเอ็นโดนิวคลีเอสจำเพาะเป็นลำดับสั้นๆ
- การแยกชิ้นส่วนผลลัพธ์ที่มีความยาวต่างกันโดย agarose gel electrophoresis
- ถ่ายโอนโปรไฟล์เจลไปยังเมมเบรนโดย Southern blotting
- ไฮบริไดเซชันของเมมเบรนด้วยโพรบที่มีป้ายกำกับและการวิเคราะห์ความแตกต่างของความยาวชิ้นส่วนในแต่ละโปรไฟล์
RFLP เป็นเทคนิคที่สำคัญมากในการตรวจหาการถ่ายทอดโรคและค้นหาความเสี่ยงของการเกิดโรคในหมู่สมาชิกในครอบครัว RFLP ยังมักใช้ในการทำแผนที่จีโนม ระบุอาชญากรในนิติเวช การทดสอบความเป็นพ่อ ฯลฯ RFLP มีข้อจำกัดหลายประการเช่นกัน RFLP ต้องการความรู้ล่วงหน้าเกี่ยวกับข้อมูลลำดับในการออกแบบโพรบสำหรับไฮบริไดเซชัน นอกจากนี้ยังต้องการการแยก DNA ในปริมาณที่เพียงพอออกจากตัวอย่างเพื่อวิเคราะห์ ซึ่งเป็นเรื่องยากในการศึกษาทางนิติเวช
รูปที่ 01: การทำแผนที่ RRFLP
AFLP และ RFLP ต่างกันอย่างไร
ALFP vs RFLP |
|
| AFLP เกี่ยวข้องกับการขยาย PCR เฉพาะเจาะจงของ DNA ที่ถูกย่อย | RFLP ไม่เกี่ยวข้องกับ PCR เว้นแต่จะเป็น PCR-RFLP |
| ความรู้ลำดับ | |
| ไม่จำเป็นต้องรู้ลำดับล่วงหน้า | ความรู้เกี่ยวกับลำดับก่อนจำเป็นในการออกแบบโพรบ RFLP |
| ความน่าเชื่อถือ | |
| นี้น่าเชื่อถือกว่า | นี่น่าเชื่อถือน้อยกว่าเมื่อเทียบกับ AFLP |
| ประสิทธิภาพในการตรวจหาความหลากหลาย | |
| นี่มีประสิทธิภาพในการตรวจหาความหลากหลายมากกว่า RFLP | มีประสิทธิภาพน้อยกว่าเมื่อเทียบกับ AFLP |
| ต้นทุน | |
| ราคาแพงไปหน่อยเมื่อเทียบกับ RFLP | นี้ถูกกว่าเมื่อเทียบกับ AFLP |
| Applications | |
| AFLP ถูกนำไปใช้กับการทำแผนที่จีโนม ลายนิ้วมือ DNA การศึกษาความหลากหลายทางพันธุกรรม การทดสอบความเป็นพ่อ และนิติเวช | การวิเคราะห์ RFLP เป็นเครื่องมือสำคัญในการทำแผนที่จีโนม การแปลยีนสำหรับความผิดปกติทางพันธุกรรม การกำหนดความเสี่ยงสำหรับโรค และการทดสอบความเป็นพ่อ |
สรุป – AFLP vs RFLP
AFLP และ RFLP เป็นสองเทคนิคที่ใช้เป็นตัวบ่งชี้ทางพันธุกรรมสำหรับการประเมินความหลากหลายและการประเมินความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมในอณูชีววิทยาAFLP ทำหน้าที่เป็นวิธีการที่มีประสิทธิภาพและละเอียดอ่อนในการตรวจหาความหลากหลายทางพันธุกรรมระหว่างสิ่งมีชีวิตมากกว่า RFLP อย่างไรก็ตาม แม้ว่าทั้งสองวิธีนี้จะมีประสิทธิภาพที่แตกต่างกันในการตรวจหาความผันแปรทางพันธุกรรม แต่ก็ยังใช้สำหรับการตรวจลายนิ้วมือและการวินิจฉัยโรคในดีเอ็นเอ
