ความแตกต่างที่สำคัญ – RAPD vs RFLP
เครื่องหมายทางพันธุกรรมถูกใช้ในอณูชีววิทยาเพื่อระบุความผันแปรทางพันธุกรรมระหว่างบุคคลและสปีชีส์ Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) และ Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) เป็นเครื่องหมายโมเลกุลที่สำคัญสองตัวที่ใช้เป็นประจำในห้องปฏิบัติการ RAPD ดำเนินการด้วยไพรเมอร์โอลิโกนิวคลีโอไทด์แบบสั้นและตามอำเภอใจ และจะขึ้นอยู่กับการขยายแบบสุ่มของตำแหน่งต่างๆ ทั่วทั้งเทมเพลตดีเอ็นเอของสิ่งมีชีวิต RFLP ดำเนินการด้วยเอ็นโดนิวคลีเอสที่มีข้อจำกัดเฉพาะ และเป็นไปตามความหลากหลายของชิ้นส่วนข้อจำกัดที่เป็นผลลัพธ์และไฮบริไดเซชันความแตกต่างที่สำคัญระหว่าง RAPL และ RFLP คือ RAPD เป็นเทคนิค PCR ประเภทหนึ่งที่ดำเนินการโดยไม่มีความรู้เกี่ยวกับลำดับก่อน ในขณะที่ RFLP ไม่เกี่ยวข้องกับ PCR และต้องการความรู้เกี่ยวกับลำดับก่อนจึงจะสามารถใช้เทคนิคนี้ได้
RAPD คืออะไร
RAPD เป็นเครื่องหมายโมเลกุลที่มีประโยชน์ในอณูชีววิทยา เป็นเทคนิคที่ง่ายและรวดเร็ว RAPD สามารถกำหนดเป็นวิธีการที่ส่งผลให้เกิดลำดับ DNA ที่มีความหลากหลายอันเป็นผลมาจากการขยายแบบสุ่มของตำแหน่งต่างๆ ของเทมเพลต DNA เป้าหมาย RAPD ใช้ไพรเมอร์โอลิโกนิวคลีโอไทด์แบบสั้นที่มีลำดับตามอำเภอใจสำหรับการขยาย PCR ไพรเมอร์ถูกสังเคราะห์เทียมโดยปราศจากความรู้เกี่ยวกับลำดับก่อน จึงเป็นเทคนิคที่ง่ายและมีประโยชน์
ขั้นตอนสำคัญต่อไปนี้เกี่ยวข้องกับ RAPD
- สกัด DNA เป้าหมาย
- การขยายตำแหน่งของ DNA เป้าหมายหลายตำแหน่งโดยใช้ไพรเมอร์ที่สุ่มเลือก
- เจลอิเล็กโตรโฟรีซิสของผลิตภัณฑ์ PCR แบบขยาย
- การย้อมสีด้วยเอธิเดียมโบรไมด์และการระบุความแตกต่าง
เนื่องจากความแปรผันของการหลอมไพรเมอร์ ชิ้นส่วนต่างๆ ที่มีความยาวต่างกันจึงถูกสร้างขึ้นในระหว่างการขยายเสียง ดังนั้นรูปแบบแถบบนเจลจึงแตกต่างกันไปในแต่ละบุคคลและสปีชีส์ ดังนั้น RAPD จึงสามารถตรวจจับความแปรผันทางพันธุกรรมระหว่างสิ่งมีชีวิตในการจำแนกและแยกแยะได้
RAPD ถูกนำไปใช้ในการศึกษาต่างๆ ของอณูชีววิทยา เช่น การระบุความแตกต่างทางพันธุกรรมระหว่างสายพันธุ์ที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิด การทำแผนที่ยีน ลายนิ้วมือ DNA การระบุโรคที่สืบทอด เป็นต้น
รูปที่ 01: RAPD
RFLP คืออะไร
Restriction Fragment Length Polymorphisms (RFLPs) เป็นเครื่องหมายโมเลกุลที่ใช้ในอณูชีววิทยาเพื่อระบุความแปรผันทางพันธุกรรมในลำดับดีเอ็นเอที่คล้ายคลึงกัน เป็นเครื่องหมายทางพันธุกรรมตัวแรกที่พัฒนาขึ้นสำหรับการพิมพ์ลายนิ้วมือของดีเอ็นเอ สิ่งมีชีวิตทั้งหมดสร้างโปรไฟล์ DNA ที่มีเอกลักษณ์เฉพาะเมื่อถูกจำกัดด้วยเอ็นไซม์จำกัดจำเพาะ RFLP ทำหน้าที่เป็นเครื่องมือสำคัญในการสร้างโปรไฟล์ DNA ที่เป็นเอกลักษณ์ของแต่ละบุคคลและการตรวจหาความแปรผันทางพันธุกรรมในหมู่พวกเขา เมื่อตัวอย่าง DNA ถูกย่อยด้วยเอ็นโดนิวคลีเอสที่มีข้อจำกัดจำเพาะ มันจะให้โพรไฟล์ DNA ที่แตกต่างกันซึ่งเป็นเอกลักษณ์ของแต่ละคน ดังนั้น หลักการของวิธีนี้คือการตรวจหาความแปรผันทางพันธุกรรมของสิ่งมีชีวิตโดยการจำกัด DNA ที่คล้ายคลึงกันด้วยเอ็นไซม์การจำกัดจำเพาะและการวิเคราะห์ความแตกต่างของความยาวชิ้นส่วนด้วยเจลอิเล็กโตรโฟรีซิสและการซับ รูปแบบการซับจะไม่ซ้ำกันสำหรับสิ่งมีชีวิตแต่ละชนิดและแสดงถึงลักษณะเฉพาะของจีโนไทป์
กำลังติดตาม RFLP
- การแยกดีเอ็นเอออกจากตัวอย่างในปริมาณที่เพียงพอ
- การแยกส่วนของตัวอย่าง DNA ที่มีเอ็นโดนิวคลีเอสจำเพาะเป็นลำดับสั้นๆ
- การแยกชิ้นส่วนผลลัพธ์ที่มีความยาวต่างกันโดย agarose gel electrophoresis
- ถ่ายโอนโปรไฟล์เจลไปยังเมมเบรนโดย Southern blotting
- ไฮบริไดเซชันของเมมเบรนด้วยโพรบที่มีป้ายกำกับและการวิเคราะห์ความแตกต่างของความยาวชิ้นส่วนในแต่ละโปรไฟล์
RFLP มีการใช้งานที่หลากหลาย เช่น การวินิจฉัยโรคทางพันธุกรรม การทำแผนที่จีโนม การระบุอาชญากรในการศึกษาทางนิติเวช การทดสอบความเป็นพ่อ ฯลฯ
รูปที่ 02: RFLP genotyping
RAPD กับ RFLP ต่างกันอย่างไร
RAPD กับ RFLP |
|
| RAPD เป็นเครื่องหมายโมเลกุลตามไพรเมอร์สุ่มและ PCR | RFLP เป็นเครื่องหมายโมเลกุลตามการผลิตชิ้นส่วนการจำกัดความยาวที่แตกต่างกัน |
| ตัวอย่างที่ต้องการ | |
| DNA ขนาดเล็กเพียงพอสำหรับการวิเคราะห์ RAPD | ตัวอย่าง DNA ที่สกัดออกมาจำนวนมากเป็นสิ่งจำเป็นสำหรับการวิเคราะห์ RFLP |
| เวลา | |
| RAPD เป็นกระบวนการที่รวดเร็ว | RFLP เป็นกระบวนการที่ใช้เวลานาน |
| ไพรเมอร์ใช้ | |
| ใช้ไพรเมอร์แบบสุ่มและไพรเมอร์เดียวกันสามารถใช้กับสปีชีส์ต่างกันได้ | โพรบเฉพาะชนิดถูกใช้ใน RFLP สำหรับการผสมข้ามพันธุ์ |
| ความน่าเชื่อถือ | |
| ความน่าเชื่อถือของเทคนิคน้อยกว่าเมื่อเปรียบเทียบกับ RFLP | RFLP เป็นเทคนิคที่เชื่อถือได้ |
| ซับ | |
| RAPD เป็นการซับใต้ | กระดาษซับใต้เป็นขั้นตอนหนึ่งของ RFLP |
| การตรวจจับความแปรผันของอัลเลลิก | |
| RAPD ตรวจไม่พบความแปรผันของอัลเลลิก | RFLP สามารถตรวจจับความแปรผันของอัลเลลิกได้ |
| ต้องการความรู้ตามลำดับ | |
| RAPD ไม่จำเป็นต้องมีความรู้เกี่ยวกับลำดับก่อน | ความรู้เกี่ยวกับลำดับก่อนจำเป็นสำหรับการออกแบบโพรบ |
| PCR | |
| PCR เกี่ยวข้องกับ RAPD | PCR ไม่มีส่วนเกี่ยวข้องกับ RFLP |
| การทำซ้ำ | |
| RAPD มีความสามารถในการทำซ้ำต่ำ | RFLP มีความสามารถในการทำซ้ำได้สูงเมื่อเทียบกับ RAPD |
สรุป – RAPD vs RFLP
RAPD และ RFLP เป็นเครื่องหมายสำคัญที่ใช้ในอณูชีววิทยา ทั้งสองวิธีสามารถตรวจจับความแปรผันทางพันธุกรรมของสิ่งมีชีวิตได้ RAPD ดำเนินการโดยใช้ไพรเมอร์แบบสุ่ม RFLP ดำเนินการโดยใช้เอนไซม์จำกัดเฉพาะ ทั้งสองวิธีสร้างโปรไฟล์ดีเอ็นเอเฉพาะสำหรับสิ่งมีชีวิตแต่ละชนิด RAPD เกี่ยวข้องกับขั้นตอนที่ค่อนข้างน้อยเมื่อเทียบกับ RFLP แต่ให้ผลลัพธ์ที่น่าเชื่อถือและทำซ้ำได้น้อยกว่า RFLP นี่คือข้อแตกต่างที่สำคัญระหว่าง RAPD และ RFLP
