ความแตกต่างที่สำคัญระหว่างเมทาโนมิกส์และเมทาทรานสคริปโตมิกส์นั้นขึ้นอยู่กับประเภทของชีวโมเลกุลที่ศึกษาในแต่ละพื้นที่ Metagenomics ศึกษา DNA ลำดับและพฤติกรรมของมันในสิ่งมีชีวิต ในขณะที่ metatranscriptomics ศึกษา DNA ที่ถอดรหัส ซึ่งส่วนใหญ่เป็นลำดับ mRNA และพฤติกรรมในสิ่งมีชีวิต
Metagenomics และ metatranscriptomics เป็นสองสาขาที่ได้รับความนิยมอย่างมากในช่วงหลายปีที่ผ่านมาที่เกี่ยวข้องกับชุมชนจุลินทรีย์ มีความสำคัญในการดูแลสุขภาพ อุตสาหกรรม และเทคโนโลยีชีวภาพทางการเกษตร เมทาเจโนมิกส์และเมทาทรานสคริปโทมิกส์ช่วยให้ศึกษาสิ่งมีชีวิตแต่ละชนิดในชุมชนและบทบาทหน้าที่ของพวกมันที่เป็นประโยชน์หรือเป็นอันตราย
Metagenomics คืออะไร
Metagenomics เป็นสาขาวิชาที่สำรวจกรดดีออกซีไรโบนิวคลีอิก (DNA) เกี่ยวข้องกับชุมชนจุลินทรีย์มากที่สุด นอกจากนี้ยังเป็นสาขาที่ก้าวหน้ากว่าเมื่อเปรียบเทียบกับจีโนม ในจีโนมิกส์ การวิเคราะห์ดีเอ็นเอของสิ่งมีชีวิตนั้น ๆ เกิดขึ้น อย่างไรก็ตาม metagenomics เกี่ยวข้องกับการวิเคราะห์สารพันธุกรรมทั่วทั้งชุมชนของสิ่งมีชีวิต ดังนั้นจึงช่วยให้ศึกษาพฤติกรรมของชุมชนสิ่งมีชีวิตที่เกี่ยวข้องกับสภาวะหนึ่งหรือสภาพแวดล้อมเดียว
รูปที่ 01: Metagenomics
เทคนิคหลักที่เกี่ยวข้องกับการศึกษาเมตาเจโนมิกส์คือ Next Generation Sequencing (NGS) ที่ใช้เทคโนโลยีไมโครอาร์เรย์ วิธี NGS สามารถวิเคราะห์สิ่งมีชีวิตหลายชนิดในปฏิกิริยาเดียวสำหรับการมีหรือไม่มีลำดับดีเอ็นเอจำเพาะลำดับดีเอ็นเอเหล่านี้อาจรับผิดชอบต่อสภาวะโรคเดียวหรือสภาวะแวดล้อม ดังนั้นการใช้ความรู้เมตาเจโนมิกจึงทำให้การตรวจคัดกรองสิ่งมีชีวิตทำได้ง่ายและแม่นยำ การจัดลำดับระหว่าง NGS เกิดขึ้นในการอ่านสั้นๆ และการสร้างโปรไฟล์ของ DNA ของสิ่งมีชีวิตจะเกิดขึ้น ลำดับดีเอ็นเอยุค 16 เป็นลำดับที่นิยมศึกษาในเมตาเจโนมิกส์เกี่ยวกับจุลินทรีย์
หลังจากการเรียงลำดับของชุมชนของสิ่งมีชีวิต การจัดลำดับของลำดับควรทำ เครื่องมือต่างๆ เช่น เครื่องมือ Basic Local Alignment Sequence (BLAST) ถูกใช้เพื่อเติมเต็มงานการจัดตำแหน่ง ตามการวางแนว ต้นไม้สายวิวัฒนาการให้ความสัมพันธ์ของสิ่งมีชีวิตแต่ละชนิดในชุมชนและรายละเอียดเกี่ยวกับพฤติกรรมของมัน
Metatranscriptomics คืออะไร
เมตาทรานสคริปโตมิกส์เป็นสาขาวิชาที่เกี่ยวข้องกับการถอดรหัสของสิ่งมีชีวิต ทรานสคริปโทมประกอบด้วยลำดับอาร์เอ็นเอทั้งหมดที่ถูกคัดลอกระหว่างการถอดรหัสดีเอ็นเอลำดับ mRNA ที่มีอยู่ใน transcriptome ให้ข้อมูลเกี่ยวกับการแสดงออกทางพันธุกรรม เมตาทรานสคริปโทมิกส์คือการวิเคราะห์ทรานสคริปโทมหลายตัวในประชากรหรือชุมชน
รูปที่ 02: การวิเคราะห์การถอดเสียง
Metatranscriptomics Studies ยังใช้เทคโนโลยี microarray เพื่อค้นหาลำดับของลำดับการอ่านสั้นๆ นอกจากนี้ metatranscriptomics ยังเกี่ยวข้องกับการวิเคราะห์ชีวสารสนเทศอย่างละเอียดโดยใช้เครื่องมือการจัดตำแหน่งและวิธีการออกแบบต้นไม้ อย่างไรก็ตาม สาขา metatranscriptomics นั้นยากกว่ามากเมื่อเปรียบเทียบกับเมตาเจโนมิกส์ การสกัด mRNA หรือ RNA โดยรวมไม่ง่ายอย่างที่คิด เนื่องจากอาร์เอ็นเอมีแนวโน้มที่จะถูกทำลายอย่างมากและมีอายุการใช้งานสั้นมาก การบำรุงรักษาและการจัดเก็บสิ่งเหล่านี้อาจเป็นคำถามที่เป็นไปได้
เมตาจีโนมิกส์และเมตาทรานส์คริปโตมิกส์มีความคล้ายคลึงกันอย่างไร
- เมตาเจโนมิกส์และเมตาทรานสคริปโตมิกส์เป็นเทคนิคที่มีปริมาณงานสูงในการวิเคราะห์ชุมชนของสิ่งมีชีวิต ซึ่งส่วนใหญ่เป็นชุมชนจุลินทรีย์
- ทั้งสองเทคนิคใช้เทคโนโลยี microarray เพื่ออนุมานสิ่งที่ค้นพบ
- ผลลัพธ์ที่ได้มักจะถูกวิเคราะห์โดยใช้การจัดแนว BLAST และต้นไม้สายวิวัฒนาการ
- นอกจากนี้ เทคนิคทั้งสองไม่ได้เน้นที่สิ่งมีชีวิตเดียว แต่เป็นกลุ่มหรือสิ่งมีชีวิตในชุมชน
- นอกจากนี้ แนวคิดทั้งสองยังได้รับการศึกษาเป็นส่วนใหญ่เกี่ยวกับจุลินทรีย์ – สาเหตุหลักมาจากบทบาทที่หลากหลายของพวกเขา
Metagenomics และ Metatranscriptomics ต่างกันอย่างไร
Metagenomics และ Metatranscriptomics เกี่ยวข้องกับการวิเคราะห์สสารพันธุกรรมในชุมชนของสิ่งมีชีวิต ดังนั้น metatranscriptomics เกี่ยวข้องกับรูปแบบและลำดับของ DNA ในขณะที่ metatranscriptomics อ้างถึงการวิเคราะห์ mRNA หรือ DNA ที่คัดลอกมานี่คือข้อแตกต่างที่สำคัญระหว่างเมทาโนมิกส์และเมทาทรานสคริปโตมิกส์
นอกจากนี้ ขั้นตอนการสกัดจะแตกต่างกันในทั้งสองเทคนิค metatranscriptomics เกี่ยวข้องกับขั้นตอนการสกัด DNA และ metatranscriptomics เกี่ยวข้องกับขั้นตอนการสกัด RNA ดังนั้น นี่จึงเป็นข้อแตกต่างที่สำคัญระหว่างเมทาโนมิกส์และเมทาทรานสคริปโตมิกส์
อินโฟกราฟิกด้านล่างสรุปความแตกต่างระหว่างเมทาโนมิกส์และเมตาทรานสคริปโตมิกส์:
สรุป – Metagenomics กับ Metatranscriptomics
เมตาเจโนมิกส์และเมตาทรานสคริปโตมิกส์เป็นสาขาใหม่ของการศึกษาที่วิเคราะห์ชุมชนของสิ่งมีชีวิตสำหรับสภาวะเฉพาะ ดังนั้น metagenomics จึงหมายถึงการวิเคราะห์ลำดับดีเอ็นเอ ในทางตรงกันข้าม metatranscriptomics หมายถึงการวิเคราะห์ลำดับ RNA หรือผลิตภัณฑ์ DNA ที่คัดลอกมาในเรื่องนี้ metatranscriptomics ช่วยให้สามารถระบุการแสดงออกของยีนสำหรับกรณีเฉพาะได้ ทั้งสองมีความสำคัญในการวิเคราะห์การกลายพันธุ์และผลกระทบ เหล่านี้เป็นเทคนิคที่รวดเร็วและเชื่อถือได้มากกว่าที่ใช้ในการวินิจฉัยล่วงหน้า ดังนั้น นี่คือบทสรุปของความแตกต่างระหว่างเมตาเจโนมิกส์และเมทาทรานสคริปโตมิกส์
