ความแตกต่างที่สำคัญระหว่าง FASTA และ FASTQ คือ FASTA เป็นรูปแบบข้อความที่เก็บเฉพาะลำดับนิวคลีโอไทด์หรือโปรตีน ในขณะที่ FASTQ เป็นรูปแบบข้อความที่เก็บทั้งค่าคุณภาพลำดับและลำดับที่เกี่ยวข้อง
Bioinformatics เป็นสาขาที่ใช้ซอฟต์แวร์ต่างๆ เพื่อวิเคราะห์และทำความเข้าใจข้อมูลทางชีววิทยา โดยเฉพาะอย่างยิ่งเมื่อชุดข้อมูลมีความซับซ้อนและมีขนาดใหญ่ สาขานี้รวมชีววิทยา เคมี ฟิสิกส์ วิทยาการคอมพิวเตอร์ วิศวกรรมสารสนเทศ คณิตศาสตร์ และสถิติเพื่อวิเคราะห์และตีความข้อมูลทางชีววิทยา FASTA และ FASTQ เป็นรูปแบบการแสดงลำดับสองรูปแบบในด้านชีวสารสนเทศเพื่อจัดแนวและวิเคราะห์ลำดับอันที่จริง FASTQ เป็นรูปแบบไฟล์ซีเควนซ์ที่ขยายรูปแบบ FASTA ด้วยความสามารถในการจัดเก็บคุณภาพของลำดับ
ฟาสต้าคืออะไร
FASTA เป็นซอฟต์แวร์การจัดตำแหน่งสำหรับลำดับ DNA และโปรตีน ซอฟต์แวร์ FASTA ใช้รูปแบบ FASTA เป็นรูปแบบข้อความที่แสดงลำดับนิวคลีโอไทด์หรือลำดับกรดอะมิโน (โปรตีน) ในที่นี้ รหัสตัวอักษรเดี่ยวแสดงถึงลำดับทั้งสองนี้ FASTA เป็นเครื่องมือที่สำคัญในด้านชีวสารสนเทศและชีวเคมี รูปแบบนี้อนุญาตให้ชื่อลำดับและความคิดเห็นนำหน้าลำดับ
รูปที่ 01: FASTA Sequence
รูปแบบนี้มาจากซอฟต์แวร์ FASTA และเปิดตัวโดย David J. Lipmann และ William R. Pearson ในปี 1985 เครื่องมือ FASTA มีการดัดแปลงหลายอย่างเมื่อเวลาผ่านไป และเวอร์ชันล่าสุดประกอบด้วยโปรแกรมสำหรับโปรตีน:โปรตีน, DNA:DNA, โปรตีน: DNA ที่แปลแล้ว (พร้อมการเปลี่ยนเฟรม) และการค้นหาเปปไทด์แบบเรียงลำดับหรือไม่เรียงลำดับFASTA อ่านลำดับนิวคลีโอไทด์หรือกรดอะมิโนที่กำหนด และค้นหาฐานข้อมูลลำดับที่สอดคล้องกันโดยใช้การจัดตำแหน่งลำดับเฉพาะที่เพื่อค้นหาการจับคู่ของลำดับฐานข้อมูลที่คล้ายกัน
FASTQ คืออะไร
FASTQ เป็นซอฟต์แวร์การจัดตำแหน่งที่ใช้ในด้านชีวสารสนเทศ ซึ่งจัดเก็บทั้งลำดับทางชีวภาพ (โดยปกติคือลำดับนิวคลีโอไทด์) และคะแนนคุณภาพที่สอดคล้องกัน เดิม FASTQ ได้รับการพัฒนาเพื่อรวมลำดับการจัดรูปแบบ FASTA และข้อมูลคุณภาพที่เกี่ยวข้องโดย Wellcome Trust Sanger Institute ด้วยการพัฒนาในด้านชีวสารสนเทศ FASTQ กลายเป็นมาตรฐานโดยพฤตินัยสำหรับการจัดเก็บเอาต์พุตของเครื่องมือจัดลำดับปริมาณงานสูงจำนวนมาก
รูปแบบ FASTQ ใช้สี่บรรทัดที่แตกต่างกันต่อลำดับ บรรทัดที่ 1 เริ่มต้นด้วยอักขระ @ และตามด้วยตัวระบุลำดับ (คล้ายกับบรรทัดชื่อ FASTA) บรรทัดที่ 2 ประกอบด้วยตัวอักษรลำดับดิบ ในบรรทัดที่ 3 ลำดับเริ่มต้นด้วยอักขระ '+' และตามด้วยตัวระบุลำดับเดียวกันบรรทัดที่ 4 เข้ารหัสค่าคุณภาพของลำดับในบรรทัดที่ 2 และควรประกอบด้วยสัญลักษณ์จำนวนเท่ากันกับตัวอักษรในลำดับ
ความคล้ายคลึงกันระหว่าง FASTA และ FASTQ คืออะไร
- FASTA และ FASTQ เป็นเครื่องมือในการตั้งศูนย์
- เป็นรูปแบบการแสดงลำดับสองรูปแบบ
- ทั้งสองเกี่ยวข้องกับสาขาชีวสารสนเทศ
- ทั้ง FAST และ FASTQ เป็นเครื่องมือสำคัญสำหรับการจัดเก็บและการจัดลำดับ
- FASTQ เป็นส่วนขยายของรูปแบบ FASTA ที่มีความสามารถในการจัดเก็บคุณภาพลำดับ
ความแตกต่างระหว่าง FASTA และ FASTQ คืออะไร
FASTA เป็นรูปแบบข้อความที่เก็บเฉพาะลำดับนิวคลีโอไทด์หรือโปรตีน ในขณะที่ FASTQ เป็นรูปแบบข้อความที่เก็บทั้งค่าคุณภาพลำดับและลำดับที่เกี่ยวข้อง ดังนั้น นี่คือข้อแตกต่างที่สำคัญระหว่าง FASTA และ FASTQ นอกจากนี้ FASTA จะจัดเก็บแฟรกเมนต์ของลำดับหลังจากถูกแมป ในขณะที่ FASTQ จะจัดเก็บแฟรกเมนต์ของลำดับก่อนการแมปนอกจากนี้ ความแตกต่างอีกประการระหว่าง FASTA และ FASTQ คือ FASTA ประกอบด้วยบรรทัดรายละเอียดหนึ่งบรรทัด และ FASTAQ ประกอบด้วยสี่บรรทัด
อินโฟกราฟิกด้านล่างแสดงความแตกต่างระหว่าง FASTA และ FASTQ ในรูปแบบตารางสำหรับการเปรียบเทียบแบบเคียงข้างกัน
สรุป – FASTA vs FASTQ
Bioinformatics ใช้รูปแบบต่างๆ ของลำดับ เช่น FASTA และ FASTQ เป็นต้น FASTA จะจัดเก็บส่วนย่อยของลำดับหลังจากถูกจับคู่ ขณะที่ FASTQ เก็บชิ้นส่วนของลำดับก่อนการแมป FASTA เป็นซอฟต์แวร์การจัดตำแหน่งสำหรับลำดับ DNA และโปรตีน ประกอบด้วยโปรแกรมสำหรับโปรตีน:โปรตีน, DNA:DNA, โปรตีน:DNA ที่แปลแล้ว (พร้อมการเปลี่ยนเฟรม) และการค้นหาเปปไทด์ที่เรียงลำดับหรือไม่เรียงลำดับ FASTQ เป็นซอฟต์แวร์การจัดตำแหน่งที่ใช้ในด้านชีวสารสนเทศและจัดเก็บทั้งลำดับทางชีวภาพ (โดยปกติคือลำดับนิวคลีโอไทด์) และคะแนนคุณภาพที่สอดคล้องกัน FASTA ประกอบด้วยบรรทัดรายละเอียดหนึ่งบรรทัด และ FASTQ ประกอบด้วยสี่บรรทัด ดังนั้น นี่จึงสรุปความแตกต่างระหว่าง FASTA และ FASTQ
