ความแตกต่างที่สำคัญระหว่าง BLAST และ FastA คือ BLAST เป็นเครื่องมือปรับตำแหน่งพื้นฐานที่มีให้ที่เว็บไซต์ National Center for Biotechnology Information ในขณะที่ FastA เป็นเครื่องมือค้นหาความคล้ายคลึงกันที่มีอยู่ในเว็บไซต์ European Bioinformatics Institute
BLAST และ FastA เป็นซอฟต์แวร์สองชนิดที่ใช้กันอย่างแพร่หลายเพื่อเปรียบเทียบลำดับทางชีววิทยาของดีเอ็นเอ กรดอะมิโน โปรตีน และนิวคลีโอไทด์ของสปีชีส์ต่างๆ และมองหาความคล้ายคลึงกัน อัลกอริทึมเหล่านี้เขียนขึ้นโดยคำนึงถึงความเร็ว เนื่องจากเมื่อนักวิทยาศาสตร์สามารถแยก DNA ในห้องปฏิบัติการได้ในช่วงกลางทศวรรษ 1980 จึงต้องเปรียบเทียบและค้นหายีนที่เหมือนกันเพื่อการวิจัยเพิ่มเติมด้วยความเร็วสูงดังนั้น ซอฟต์แวร์ทั้งสองนี้จึงได้รับการพัฒนาในลักษณะที่ผู้ใช้สามารถค้นหาลำดับที่คล้ายคลึงกันได้อย่างรวดเร็วด้วยลำดับของการค้นหา
BLAST เป็นตัวย่อสำหรับ Basic Local Alignment Search Tool และใช้วิธีการแปลเป็นภาษาท้องถิ่นในการเปรียบเทียบทั้งสองลำดับ FastA เป็นซอฟต์แวร์ที่อ้างถึง Fast A โดยที่ A ย่อมาจาก All ที่นี่ ซอฟต์แวร์ทำงานร่วมกับตัวอักษร เช่น Fast A สำหรับการจัดลำดับ DNA และ Fast P สำหรับโปรตีน ทั้ง BLAST และ FastA นั้นรวดเร็วมากในการเปรียบเทียบฐานข้อมูลจีโนมใด ๆ ดังนั้นจึงสามารถสร้างรายได้และประหยัดเวลาได้มาก
ระเบิดคืออะไร
BLAST เป็นหนึ่งในซอฟต์แวร์ชีวสารสนเทศที่ใช้กันอย่างแพร่หลายมากที่สุดซึ่งพัฒนาขึ้นในปี 1990 ตั้งแต่นั้นมา ทุกคนในเว็บไซต์ NCBI ก็สามารถใช้ได้ นอกจากนี้ บุคคลใดก็ตามสามารถเข้าถึงซอฟต์แวร์นี้และใช้งานได้ นอกจากนี้ BLAST เป็นซอฟต์แวร์ที่ต้องการข้อมูลอินพุตหรือลำดับในรูปแบบ FastA แต่จะให้ข้อมูลผลลัพธ์ในรูปแบบข้อความธรรมดา HTML หรือ XML BLAST ทำงานบนหลักการของการค้นหาความคล้ายคลึงที่แปลเป็นภาษาท้องถิ่นระหว่างสองลำดับและแสดงรายการลำดับที่คล้ายกัน จากนั้นจึงค้นหาความคล้ายคลึงในละแวกใกล้เคียง
รูปที่ 01: ผลลัพธ์ BLAST
ดังนั้น ซอฟต์แวร์นี้จะค้นหาภูมิภาคท้องถิ่นที่คล้ายกันจำนวนมากและให้ผลลัพธ์เมื่อถึงค่าเกณฑ์ อย่างไรก็ตาม กระบวนการนี้แตกต่างจากซอฟต์แวร์รุ่นก่อน ซึ่งค้นหาลำดับทั้งหมดก่อน จากนั้นจึงทำการเปรียบเทียบ ดังนั้นจึงใช้เวลานาน
นอกจากการตรวจสอบความคล้ายคลึงข้างต้นแล้ว BLAST ยังมีการใช้งานอื่นๆ อีกมากมาย เช่น การทำแผนที่ DNA การเปรียบเทียบยีนที่เหมือนกันสองยีนในสายพันธุ์ที่แตกต่างกัน การสร้างต้นไม้สายวิวัฒนาการ เป็นต้น
FastA คืออะไร
FastA คือซอฟต์แวร์การจัดลำดับโปรตีน David J. Lipman และ William R. Pearson อธิบายซอฟต์แวร์นี้ในปี 1985 แม้ว่าการใช้งานครั้งแรกของซอฟต์แวร์นี้คือการเปรียบเทียบลำดับโปรตีนเท่านั้น แต่เวอร์ชันดัดแปลงของซอฟต์แวร์นี้ก็สามารถเปรียบเทียบลำดับดีเอ็นเอได้เช่นกันในที่นี้ ซอฟต์แวร์นี้ใช้หลักการในการค้นหาความคล้ายคลึงกันระหว่างสองลำดับทางสถิติ มันจับคู่ลำดับของ DNA หรือโปรตีนกับลำดับอื่นโดยวิธีการจัดตำแหน่งลำดับเฉพาะที่
รูปที่ 02: FastA
อย่างไรก็ตาม ค้นหาความคล้ายคลึงกันในพื้นที่ท้องถิ่น แต่ไม่ใช่การจับคู่ที่ดีที่สุดระหว่างสองลำดับ เนื่องจากซอฟต์แวร์นี้เปรียบเทียบความคล้ายคลึงกันในบางครั้ง จึงอาจเกิดความไม่ตรงกันได้เช่นกัน ในลำดับ FastA จะใช้ส่วนเล็กๆ ที่เรียกว่า k-tuples โดยที่ tuples สามารถมีค่าตั้งแต่ 1 ถึง 6 และจับคู่กับ k-tuples ของลำดับอื่นๆ เมื่อสิ้นสุดกระบวนการจับคู่ เมื่อถึงค่าเกณฑ์ ก็จะให้ผลลัพธ์
ความคล้ายคลึงกันระหว่าง BLAST และ FastA คืออะไร
- BLAST และ FastA เป็นเครื่องมือชีวสารสนเทศที่ใช้เปรียบเทียบโปรตีนและลำดับ DNA สำหรับความคล้ายคลึงกัน
- นอกจากนี้ ทั้งสองโปรแกรมใช้กลยุทธ์การให้คะแนนเพื่อทำการเปรียบเทียบระหว่างลำดับ
- นอกจากนี้ เครื่องมือทั้งสองยังให้ผลลัพธ์ที่แม่นยำสูง
BLAST กับ FastA ต่างกันอย่างไร
BLAST เป็นเครื่องมือตรวจสอบความคล้ายคลึงกันระหว่างลำดับทางชีวภาพ ในทางกลับกัน FastA เป็นอีกโปรแกรมหนึ่งที่ช่วยอำนวยความสะดวกในการตรวจสอบความคล้ายคลึงกันของลำดับโปรตีนและดีเอ็นเอ อย่างไรก็ตาม เมื่อเปรียบเทียบกับ FastA ซอฟต์แวร์ BLAST ได้รับความนิยมอย่างมาก เนื่องจากให้ผลลัพธ์ที่แม่นยำและรวดเร็วกว่า ดังนั้น นี่คือความแตกต่างระหว่าง BLAST และ FastA นอกจากนี้ โปรแกรม BLAST นั้นแตกต่างจาก FastA ตรงที่สามารถแก้ไขได้ตามความต้องการของผู้ใช้ ดังนั้น นี่จึงเป็นข้อแตกต่างระหว่าง BLAST และ FastA
อินโฟกราฟิกด้านล่างเกี่ยวกับความแตกต่างระหว่าง BLAST และ FastA ให้รายละเอียดเพิ่มเติม
สรุป – BLAST vs FastA
BLAST และ FastA เป็นสองโปรแกรมที่อนุญาตให้ผู้ใช้เปรียบเทียบลำดับการสืบค้นของเขากับลำดับในฐานข้อมูลที่มีอยู่และตรวจสอบความคล้ายคลึงกัน จุดประสงค์เริ่มต้นของ FastA คือการเปรียบเทียบเฉพาะลำดับโปรตีนเท่านั้น แต่ซอฟต์แวร์เวอร์ชันดัดแปลงนี้อำนวยความสะดวกในการเปรียบเทียบทั้งโปรตีนและลำดับดีเอ็นเอ แม้ว่า FastA จะเป็นซอฟต์แวร์ที่ดี แต่คนส่วนใหญ่ใช้เครื่องมือการจัดตำแหน่ง BLAST เนื่องจากเป็นที่นิยมมากกว่าและให้ผลลัพธ์ที่แม่นยำและรวดเร็วกว่า FastA นอกจากนี้ เครื่องมือ BLAST ยังสามารถปรับเปลี่ยนได้ตามความต้องการของผู้ใช้ สรุปข้อแตกต่างระหว่าง BLAST และ FastA
