ความแตกต่างที่สำคัญระหว่าง contig และ scaffold คือ contig ไม่มีช่องว่างในขณะที่นั่งร้านประกอบด้วย contig และ gap
การจัดลำดับจีโนมของสิ่งมีชีวิตหลายเซลล์นั้นยากมากเมื่อเทียบกับการจัดลำดับของสิ่งมีชีวิตที่มีเซลล์เดียว การจัดลำดับของปืนลูกซองทั้งจีโนมเป็นเทคนิคการหาลำดับจีโนมที่ง่ายและรวดเร็วสำหรับจีโนมหลายเซลล์ เป็นวิธีการจัดลำดับชิ้นส่วนดีเอ็นเอที่ทับซ้อนกันหลายชิ้นแบบขนานกัน ในวิธีนี้ ชิ้นส่วนเล็กๆ จะถูกประกอบเป็นชิ้นส่วนที่ใหญ่ขึ้น จากนั้นจึงกลายเป็นส่วนที่ใหญ่กว่าโดยใช้คอมพิวเตอร์ จากนั้นส่วนที่เป็นโครงจะประกอบเป็นโครงนั่งร้านและสุดท้ายกลายเป็นโครโมโซม ดังนั้น contig จึงเป็นการขยายลำดับนิวคลีโอไทด์อย่างต่อเนื่องในขณะที่โครงเป็นส่วนหนึ่งของจีโนมที่ประกอบด้วยส่วนต่อและช่องว่างทั้ง contig และ scaffold เป็นลำดับจีโนมที่สร้างขึ้นใหม่
Contig คืออะไร
Contig เป็นลำดับจีโนม เป็นลำดับต่อเนื่องที่ประกอบด้วยฐาน A, C, G และ T มันถูกสร้างขึ้นจากการรวมส่วนเล็ก ๆ ที่ทับซ้อนกันเล็กน้อยของ DNA เข้าด้วยกันในลำดับที่ยาวกว่า พูดง่ายๆ ก็คือ contig คือการรวมชุดของส่วนย่อยของลำดับ การสร้าง Contig เกี่ยวข้องกับการระบุส่วนย่อยของลำดับที่ทับซ้อนกันตามวิธีการจับคู่สตริงในเครื่องและการจัดตำแหน่งซึ่งระบุจุดสิ้นสุดที่ทับซ้อนกันของลำดับ
คอนติกไม่มีช่องว่าง เป็นส่วนหนึ่งของนั่งร้าน Contigs ถูกล่ามโซ่ไว้ด้วยกันเมื่อสร้างนั่งร้าน ต้องการข้อมูลเพิ่มเติมเกี่ยวกับตำแหน่งสัมพัทธ์และการวางแนวของ contig ในจีโนม ช่องว่างแยก contigs ในนั่งร้านโดยพื้นฐานแล้ว การประกอบ contig เป็นขั้นตอนสำคัญในการจัดลำดับปืนลูกซองทั้งจีโนม ในที่สุด Contigs จะถูกประกอบเป็นลำดับจีโนมที่สมบูรณ์ โดยทั่วไปการประกอบ Contig จำเป็นต้องมีความเข้าใจอัลกอริทึมในการจับคู่สตริงและการจัดตำแหน่งลำดับ
นั่งร้านคืออะไร
นั่งร้านเป็นลำดับจีโนมที่สร้างขึ้นใหม่จากโคลนของปืนลูกซองทั้งจีโนมที่เรียงลำดับสุดท้าย โครงสร้างนั่งร้านประกอบด้วยส่วนต่อและช่องว่าง ดังนั้นโครงนั่งร้านจึงถูกสร้างขึ้นโดยการผูกส่วนต่อเข้าด้วยกันและแยกออกจากกันด้วยช่องว่าง การสร้างโครงนั่งร้านต้องการข้อมูลเกี่ยวกับตำแหน่งสัมพัทธ์และการวางแนวของ contig ในจีโนม การประกอบปืนลูกซองทั้งจีโนมมีจุดมุ่งหมายเพื่อแสดงลำดับจีโนมแต่ละลำดับในโครงเดียว แต่มันเป็นไปไม่ได้ทีเดียว ดังนั้นโครโมโซมหนึ่งโครโมโซมอาจมีหลายโครงนั่งแทน บางครั้งนั่งร้านสามารถทับซ้อนกันได้ นอกจากนี้ ระหว่างการประกอบยังสามารถกรองนั่งร้านบางส่วนได้
รูปที่ 02: ภาพรวมของการประกอบปืนลูกซองทั้งจีโนม
ความยาวของช่องว่างนั่งร้านไม่แสดงความยาวจริง โดยทั่วไป ช่องว่างจะกำหนดความยาวคงที่ตามอำเภอใจ ดังนั้น ช่องว่างและความไม่แน่นอนในความยาวของพวกมันจึงสร้างปัญหาในการทำความเข้าใจความสัมพันธ์เชิงพื้นที่ที่แท้จริงขององค์ประกอบเชิงหน้าที่ในจีโนมและขอบเขตที่แท้จริงของข้อมูลที่ขาดหายไป บางครั้งช่องว่างแสดงถึงข้อมูลจีโนมที่ขาดหายไป
ความคล้ายคลึงกันระหว่าง Contig กับนั่งร้านคืออะไร
- Contig และ scaffold เป็นลำดับจีโนมที่ประกอบด้วยลำดับนิวคลีโอไทด์
- นั่งร้านประกอบด้วยส่วนต่อและช่องว่าง
Contig กับนั่งร้านต่างกันอย่างไร
Contig คือลำดับต่อเนื่องที่ประกอบขึ้นจากชุดของส่วนย่อยของลำดับในทางตรงกันข้าม โครงนั่งร้านเป็นส่วนหนึ่งของลำดับจีโนมที่สร้างขึ้นใหม่โดยการโยงส่วนต่อประสานเข้าด้วยกัน นี่คือข้อแตกต่างที่สำคัญระหว่าง contig และ scaffold นอกจากนี้ contigs ไม่มีช่องว่างในขณะที่ contig ในนั่งร้านถูกคั่นด้วยช่องว่าง
ด้านล่างเป็นตารางแสดงความแตกต่างระหว่าง contig และ scaffold
สรุป – Contig vs Scaffold
ทั้ง contig และ scaffold เป็นลำดับนิวคลีโอไทด์ที่สร้างขึ้นใหม่ในโครงการหาลำดับจีโนมทั้งหมด Contig คือการขยายลำดับจีโนมอย่างต่อเนื่องที่มีเบส A, C, G และ T โดยไม่มีช่องว่าง โครงเป็นลำดับจีโนมประกอบด้วยส่วนต่อและช่องว่าง ดังนั้น ส่วนประกอบการประกอบที่สั้นที่สุดจึงเป็นส่วนต่อส่วน ส่วนนั่งร้านเป็นส่วนประกอบประกอบของส่วนต่อ (contigs) ในที่สุด โครงนั่งร้านจะประกอบเป็นโครโมโซมในการจัดลำดับจีโนมทั้งหมดดังนั้น นี่จึงสรุปความแตกต่างระหว่าง contig และ scaffold
