Key Difference – Nick Translation vs Primer Extension
การแปลแบบนิกและการขยายสีรองพื้นเป็นเทคนิคสำคัญสองอย่างที่ดำเนินการในวิชาอณูชีววิทยา ความแตกต่างที่สำคัญระหว่างการแปลนิกและการขยายไพรเมอร์คือกระบวนการแปลนิกสร้างโพรบที่มีป้ายกำกับสำหรับเทคนิคการผสมพันธุ์อื่น ๆ ในขณะที่วิธีการขยายไพรเมอร์ระบุลำดับ RNA เฉพาะจากส่วนผสมและเปิดเผยข้อมูลเกี่ยวกับการแสดงออกของ mRNA เทคนิคทั้งสองมีความสำคัญมากและดำเนินการเป็นประจำในห้องปฏิบัติการวิจัยระดับโมเลกุล
นิคแปลนคืออะไร
การแปลนิคเป็นเทคนิคสำคัญที่ใช้ในการเตรียมโพรบติดฉลากสำหรับเทคนิคทางอณูชีววิทยาต่างๆ เช่น การซับ การผสมแบบในแหล่งกำเนิด การผสมแบบฟลูออเรสเซนต์ในแหล่งกำเนิด เป็นต้นเป็นวิธีการติดฉลากดีเอ็นเอในหลอดทดลอง โพรบ DNA ใช้เพื่อระบุลำดับ DNA หรือ RNA ที่เฉพาะเจาะจง ด้วยความช่วยเหลือของหัววัดที่ติดฉลากไว้ ชิ้นส่วนจำเพาะสามารถทำเครื่องหมายหรือมองเห็นได้จากส่วนผสมที่ซับซ้อนของกรดนิวคลีอิก ดังนั้น โพรบที่ติดฉลากจึงจัดทำขึ้นโดยใช้เทคนิคต่างๆ เพื่อใช้กับเทคนิคต่างๆ การแปลนิคเป็นวิธีหนึ่งที่สร้างโพรบที่ติดฉลากด้วยความช่วยเหลือของเอ็นไซม์ DNase 1 และ DNA polymerase 1
กระบวนการแปลชื่อเล่นเริ่มต้นด้วยกิจกรรมของเอนไซม์ DNase 1 DNase 1 แนะนำชื่อเล่นในกระดูกสันหลังฟอสเฟตของ DNA ที่มีเกลียวคู่โดยการตัดพันธะฟอสโฟไดสเตอร์ระหว่างนิวคลีโอไทด์ เมื่อนิคถูกสร้างขึ้นอิสระ 3 'กลุ่ม OH ของนิวคลีโอไทด์จะได้รับและเอ็นไซม์ DNA polymerase 1 จะทำหน้าที่กับมัน กิจกรรม exonuclease 5' ถึง 3' ของ DNA polymerase 1 กำจัดนิวคลีโอไทด์ออกจากนิกไปยังทิศทาง 3' ของสาย DNA ในเวลาเดียวกัน กิจกรรมของพอลิเมอเรสของเอนไซม์ DNA polymerase 1 จะทำงานและเพิ่มนิวคลีโอไทด์เพื่อแทนที่นิวคลีโอไทด์ที่ถูกกำจัดออกไปหากนิวคลีโอไทด์ถูกติดฉลาก การแทนที่จะเกิดขึ้นโดยนิวคลีโอไทด์ที่ติดฉลากและจะทำเครื่องหมาย DNA เพื่อระบุตัวตน DNA ที่ติดฉลากสังเคราะห์ใหม่นี้สามารถใช้เป็นโพรบในปฏิกิริยาการผสมพันธุ์ต่างๆ ในอณูชีววิทยา
รูปที่ 01: ขั้นตอนการแปลของนิค
Primer Extension คืออะไร
ไพรเมอร์ส่วนขยายเป็นเทคนิคที่ใช้เพื่อค้นหาลำดับอาร์เอ็นเอจำเพาะจากส่วนผสมของอาร์เอ็นเอและหาตำแหน่งปลาย 5' ของการถอดเสียง mRNA นอกจากนี้ยังใช้เพื่อศึกษาโครงสร้างของอาร์เอ็นเอและการแสดงออก วิธีการขยายไพรเมอร์ดำเนินการด้วยไพรเมอร์ที่ติดฉลากหรือด้วยนิวคลีโอไทด์ที่ติดฉลาก หากใช้ไพรเมอร์ที่ติดฉลาก ไม่จำเป็นต้องติดฉลากนิวคลีโอไทด์ที่ใช้สำหรับการสังเคราะห์ cDNAเทคนิคนี้มีหลายขั้นตอน เริ่มด้วยการสกัด RNA จากตัวอย่าง จากนั้นจึงเติมไพรเมอร์โอลิโกนิวคลีโอไทด์ที่ติดฉลากลงในส่วนผสมพร้อมกับส่วนผสมที่จำเป็นในการสังเคราะห์ cDNA ของลำดับอาร์เอ็นเอจำเพาะ ไพรเมอร์หลอมด้วยลำดับเสริมจากส่วนผสม การใช้ลำดับการอบอ่อนด้วยไพรเมอร์เป็นแม่แบบ เอ็นไซม์รีเวิร์สทรานสคริปเทสสังเคราะห์ DNA เสริม (cDNA) ของลำดับอาร์เอ็นเอ การหลอมรองพื้นและการถอดความแบบย้อนกลับจะเกิดขึ้นเมื่อมีลำดับอาร์เอ็นเอเฉพาะในตัวอย่างเท่านั้น ในที่สุด เมื่อทำการเจลอิเล็กโตรโฟรีซิสทำให้เสียสภาพ ขนาดของลำดับอาร์เอ็นเอสามารถกำหนดได้ นอกจากนี้ยังง่ายต่อการค้นหาฐาน +1 ของลำดับ mRNA (ไซต์เริ่มต้นการถอดความ) โดยวิธีการขยายไพรเมอร์ ปริมาณ mRNA ที่มีอยู่ในตัวอย่างสามารถหาปริมาณได้ด้วยวิธีนี้ หากใช้ไพรเมอร์ส่วนเกิน
รูปที่ 02: ส่วนขยายไพรเมอร์
Nick Translation กับ Primer Extension ต่างกันอย่างไร
Nick Translation vs Primer Extension |
|
| การแปลนิคเป็นกระบวนการที่สร้างโพรบดีเอ็นเอที่มีป้ายกำกับสำหรับปฏิกิริยาการผสมพันธุ์ต่างๆ | primer extension เป็นเทคนิคที่ใช้เพื่อค้นหา RNA ที่เฉพาะเจาะจงหรือศึกษาการแสดงออกของยีน |
| เอนไซม์ที่ใช้ | |
| ใช้เอนไซม์ DNAase 1 และ DNA polymerase | ใช้เอนไซม์ทรานสคริปเทส |
| ความสำคัญ | |
| Nick translation อำนวยความสะดวกในการทำเครื่องหมายของลำดับดีเอ็นเอเฉพาะ | ไพรเมอร์ส่วนขยายช่วยให้สามารถตรวจจับขนาดลำดับ mRNA ที่เฉพาะเจาะจงและจำนวนที่มีอยู่ในตัวอย่างได้ |
สรุป – Nick Translation vs Primer Extension
การแปลนิคเป็นวิธีการที่ใช้ในการสังเคราะห์โพรบที่ติดฉลากตามกิจกรรมของเอ็นไซม์ DNase 1 และ E coli DNA polymerase 1 เป็นวิธีการในหลอดทดลองที่ใช้ในห้องปฏิบัติการก่อนเทคนิคการผสมพันธุ์แบบต่างๆ ในระหว่างการแปลชื่อเล่น แอคทิวิตีเอ็กโซนิวคลีเอส 5’-3’ ของดีเอ็นเอโพลีเมอเรส 1 จะกำจัดนิวคลีโอไทด์ก่อนการออกฤทธิ์ของนิกและโพลีเมอเรสของดีเอ็นเอโพลีเมอเรส 1 แทนที่นิวคลีโอไทด์ที่ถูกกำจัดออกด้วยนิวคลีโอไทด์ที่ติดฉลากด้านหลังนิก การขยายสีรองพื้นเป็นวิธีการที่ใช้ในการตรวจหาการถอดเสียง RNA จำเพาะจากส่วนผสมและหาปริมาณขนาดและปริมาณของอาร์เอ็นเอที่น่าสนใจ นี่คือความแตกต่างระหว่างการแปลนิคและการขยายไพรเมอร์
