ความแตกต่างที่สำคัญระหว่างไพรเมอร์สุ่มและ oligo dT คือไพรเมอร์สุ่มเป็นส่วนผสมของลำดับเฮกซาเมอร์ที่เป็นไปได้ทั้งหมด ออลิโกนิวคลีโอไทด์ ในขณะที่ไพรเมอร์ oligo dT ประกอบด้วยดีออกซีไทมิดีน 12–18 เส้นเดี่ยวที่ยืดออก
การถอดความแบบย้อนกลับเป็นกลไกที่ cDNA สามารถสังเคราะห์ได้โดยใช้ mRNA หรือ RNA ทุกชนิด ในการผลิต cDNA ควรมีการจัดหาเอนไซม์ reverse transcriptase และส่วนประกอบที่จำเป็นอื่น ๆ โดยเฉพาะอย่างยิ่งแม่แบบและไพรเมอร์ ไพรเมอร์คือลำดับดีเอ็นเอสั้นๆ ที่ออกแบบมาโดยเฉพาะสำหรับการขยายลำดับของเป้าหมาย ไพรเมอร์สุ่มและไพรเมอร์ oligo dT เป็นไพรเมอร์ทั่วไปสองประเภทที่ใช้ในการถอดรหัสแบบย้อนกลับดังนั้นไพรเมอร์สุ่มหรือไพรเมอร์ oligo dT เป็นลำดับดีเอ็นเอโอลิโกนิวคลีโอไทด์แบบสั้นที่จำเป็นสำหรับการถอดรหัสแบบย้อนกลับเพื่อเริ่มต้นการถอดรหัสแบบย้อนกลับ ขึ้นอยู่กับเทมเพลต RNA ไพรเมอร์ที่เหมาะสมสามารถเลือกได้จากไพรเมอร์สองประเภทนี้
ไพรเมอร์สุ่มคืออะไร
สุ่มไพรเมอร์เป็นส่วนผสมของโอลิโกนิวคลีโอไทด์ซึ่งเป็นตัวแทนของลำดับเฮกซาเมอร์ที่เป็นไปได้ทั้งหมด ลำดับไพรเมอร์ของไพรเมอร์สุ่มคือ 5´ – d (NNNNNN) –3´ N=G, A, T หรือ C ดังนั้นไพรเมอร์แบบสุ่มสามารถใช้สำหรับการขยาย DNA หรือ RNA สายเดี่ยวโดย DNA polymerase หรือ reverse transcriptase ตามลำดับ นอกจากนี้ การผสมไพรเมอร์แบบสุ่มยังสามารถขยายขอบเขตทั้งหมดของอาร์เอ็นเอเพื่อสร้าง cDNA ดังนั้นจึงสร้าง cDNA ที่มีความยาวต่างๆ
รูปที่ 01: ไพรเมอร์สุ่ม
ที่สำคัญที่สุด การผสมไพรเมอร์แบบสุ่มไม่แสดงความจำเพาะของเทมเพลต ไม่สามารถแยกแยะ mRNA และ RNA สายพันธุ์อื่นได้ และหลอมรวมกับอาร์เอ็นเอทุกสายพันธุ์ในตัวอย่าง อย่างไรก็ตาม ส่วนผสมไพรเมอร์แบบสุ่มเหมาะสำหรับการถอดรหัสย้อนกลับของ RNA ที่ไม่มีหางโพลี (A) เช่น rRNA, tRNA, RNA ที่ไม่เข้ารหัส, RNA ขนาดเล็ก, โปรคาริโอต mRNA เป็นต้น, RNA ที่เสื่อมโทรม และ RNA ที่มีโครงสร้างรองที่รู้จัก
Oligo dT คืออะไร
Oligo dT ไพรเมอร์ยืดได้ 12 – 18 deoxythymine (dT) ลำดับไพรเมอร์สามารถแสดงเป็น 5´-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT)-3 มันถูกใช้สำหรับการผลิต cDNA จาก mRNA ที่มีหางโพลี (A) โดยพื้นฐานแล้ว มันทำหน้าที่เป็นไพรเมอร์สำหรับปฏิกิริยาที่เร่งปฏิกิริยาโดย reverse transcriptase ในระหว่างการถอดความแบบย้อนกลับ oligo dT primer จะหลอมด้วยหางโพลีอะดีนิเลตที่ปลาย 3´ ของ mRNA ที่เป็นยูคาริโอตส่วนใหญ่และเริ่มกระบวนการ
รูปที่ 02: ย้อนกลับการถอดเสียงโดยใช้ Oligo dT Primer
ไม่เหมือนกับไพรเมอร์สุ่ม oligo dT ไพรเมอร์ไม่เหมาะสำหรับ RNA ที่เสื่อมโทรมหรือ RNA ที่ไม่มีหางโพลี(A) รวมถึงโปรคาริโอต RNA และ microRNA
ความคล้ายคลึงกันระหว่าง Random Primers และ Oligo dT คืออะไร
- ไพรเมอร์สุ่มและไพรเมอร์ oligo dT เป็นไพรเมอร์สองประเภทที่ใช้ในการถอดรหัสย้อนกลับและสร้าง cDNA
- การใช้ไพรเมอร์สุ่มและไพรเมอร์ oligo dT ร่วมกันจะเพิ่มความไวของการสังเคราะห์ cDNA
- พวกมันคือลำดับนิวคลีโอไทด์สั้นสายเดี่ยว
ไพรเมอร์สุ่มและ Oligo dT แตกต่างกันอย่างไร
สุ่มไพรเมอร์เป็นลำดับโอลิโกนิวคลีโอไทด์สั้นที่ประกอบด้วยลำดับสุ่มในขณะเดียวกัน oligo dT ไพรเมอร์เป็นเส้นใยสั้นที่ประกอบด้วยดีออกซีไทมิดีน 12 ถึง 18 ชนิด นี่คือข้อแตกต่างที่สำคัญระหว่างไพรเมอร์สุ่มและ oligo dT ลำดับของไพรเมอร์สุ่มคือ 5´ – d (NNNNNN) –3´ N=G, A, T หรือ C ในขณะที่ลำดับของไพรเมอร์ oligo dT คือ 5´-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT)-3´. ดังนั้นเราจึงพิจารณาได้ว่านี่เป็นข้อแตกต่างระหว่างไพรเมอร์สุ่มกับ oligo dT
ยิ่งกว่านั้น ไพรเมอร์แบบสุ่มไม่แสดงความจำเพาะของเทมเพลต และพวกมันหลอมรวมกับ RNA ทุกสายพันธุ์ ในขณะที่ไพรเมอร์ oligo dT แสดงความจำเพาะสำหรับหางโพลี (A) ของยูคาริโอต mRNA
อินโฟกราฟิกด้านล่างสรุปความแตกต่างระหว่างไพรเมอร์สุ่มและ oligo dT
สรุป – ไพรเมอร์สุ่มกับ Oligo dT
ไพรเมอร์สุ่มและไพรเมอร์ oligo dT เป็นไพรเมอร์สองประเภทที่ใช้ในการสังเคราะห์ cDNAไพรเมอร์สุ่มประกอบด้วยส่วนผสมของโอลิโกนิวคลีโอไทด์ ซึ่งเป็นตัวแทนของลำดับเฮกซาเมอร์ที่เป็นไปได้ทั้งหมด ในขณะที่ไพรเมอร์ oligo dT เป็นลำดับดีออกซีไทมิดีนแบบสายเดี่ยว 12 ถึง 18 นี่คือข้อแตกต่างที่สำคัญระหว่างไพรเมอร์สุ่มและ oligo dT นอกจากนี้ ไพรเมอร์ oligo dT ยังมีประโยชน์สำหรับการถอดรหัสย้อนกลับแบบเต็มความยาวของ RNA ที่มีหางโพลี (A) ในขณะที่ไพรเมอร์แบบสุ่มมีประโยชน์สำหรับการถอดรหัสแบบย้อนกลับของสปีชีส์ RNA ส่วนใหญ่ รวมถึง RNA ที่เสื่อมโทรม RNA ที่ไม่มีหางโพลี (A) และอาร์เอ็นเอที่มี โครงสร้างรอง ดังนั้นไพรเมอร์สุ่มไม่แสดงความจำเพาะของเทมเพลตในขณะที่ไพรเมอร์ oligo dT แสดงความจำเพาะต่อยูคาริโอต mRNA ที่มีโพลี (A) หาง