shRNA กับ siRNA
ในระหว่างกระบวนการรบกวน RNA (RNAi) การแสดงออกของยีนเป้าหมายจะถูกทำให้ล้มลงด้วยความจำเพาะและการคัดเลือกสูง RNAi เป็นกระบวนการทางธรรมชาติ และเกี่ยวข้องกับ RNA ที่รบกวนขนาดเล็ก (siRNA) และ RNA กิ๊บสั้น (shRNA) และ shRNA แบบสองฟังก์ชัน ปัจจุบัน RNAi ถูกใช้เป็นเครื่องมือในการรักษามะเร็งเฉพาะบุคคล การใช้งานของ RNAi นั้นโดยทั่วไปแล้วจะทำด้วย siRNA แบบสองสายที่สังเคราะห์ทางเคมีและโมเลกุล shRNA แบบเวกเตอร์ที่สังเคราะห์ทางเคมี แม้ว่าโมเลกุลทั้งสองนี้จะมีผลการทำงานที่คล้ายคลึงกัน แต่ก็มีโครงสร้างต่างกัน ดังนั้นกลไกการออกฤทธิ์ของโมเลกุล เส้นทาง RNA และผลกระทบนอกเป้าหมายของโมเลกุลทั้งสองนี้จึงแตกต่างกัน
shRNA
shRNA เป็นลำดับของโมเลกุลอาร์เอ็นเอขนาดเล็กซึ่งทำให้กิ๊บติดผมแน่นซึ่งสามารถใช้เพื่อปิดการแสดงออกของยีนเป้าหมายระหว่าง RNAi การแสดงออกของ shRNA ทำได้โดยเวกเตอร์ ซึ่งสามารถเป็นได้ทั้งไวรัสหรือแบคทีเรีย หรือโดยการนำส่งพลาสมิด พวกมันถูกสังเคราะห์ในนิวเคลียสของเซลล์และถูกส่งไปยังไซโตพลาสซึมเพื่อดำเนินการต่อไป โมเลกุลเหล่านี้มีวิถีการเจริญเติบโตที่คล้ายคลึงกันของ miRNA; ดังนั้นการสังเคราะห์ miRNA จึงเป็นพื้นฐานสำหรับความเข้าใจเกี่ยวกับการสังเคราะห์ shRNA ทั้ง RNA polymerase II หรือ III สามารถถอดความ shRNA ผ่านโปรโมเตอร์ RNA polymerase II หรือ III ข้อดีของการใช้ shRNA คือมีอัตราการย่อยสลายและการหมุนเวียนที่ค่อนข้างต่ำ ข้อเสียคือต้องใช้เวกเตอร์นิพจน์ ซึ่งอาจทำให้เกิดปัญหาด้านความปลอดภัย
siRNA
siRNAs เป็นโมเลกุล RNA แบบเกลียวคู่ที่ประกอบด้วยคู่เบสยาว 20-25 คู่ สิ่งเหล่านี้ใช้สำหรับการปราบปรามยีนโดยการปิดเสียงยีนใดๆ ที่มีลำดับนิวคลีโอไทด์เสริมในวิถีทาง RNAiการทำให้ล้มลงของยีนโดยการเปลี่ยนถ่าย siRNA มักไม่ประสบผลสำเร็จเนื่องจากผลกระทบชั่วคราว โดยเฉพาะอย่างยิ่งในเซลล์ที่แบ่งตัวอย่างรวดเร็วและการกดขี่ไม่นาน เพื่อแก้ปัญหานี้ siRNA ได้รับการแก้ไขโดยแนะนำโครงสร้างกิ๊บสั้น โมเลกุลที่ถูกดัดแปลงนี้เรียกว่า shRNA shRNA ควรถูกแปลงเป็น siRNA โดย Dicer เพื่อให้ทำงานได้ตามปกติ
shRNA กับ siRNA ต่างกันอย่างไร
• shRNA ต่างจาก siRNA ตรงที่มีโครงสร้างแบบกิ๊บพิเศษ shRNA เป็นเวอร์ชันดัดแปลงของ siRNA
• shRNA ต้องการเวกเตอร์นิพจน์ ในขณะที่ siRNA ไม่ต้องการ
• shRNA สามารถใช้สำหรับการล้มลงในระยะยาว ในขณะที่ siRNA สามารถใช้ได้เฉพาะกับการล้มลงของยีนในระยะสั้นเท่านั้น
• ต่างจากการยับยั้งยีนของ siRNA การปราบปรามของ shRNA นั้นคงอยู่นาน และหากถูกแทรกผ่านเวกเตอร์ไวรัสที่เหมาะสม ก็อาจก่อให้เกิดผลทำให้ยีนเงียบอย่างถาวร
• ไดเซอร์จำเป็นต้องแปลง shRNA กลับเป็นโมเลกุล siRNA เพื่อทำหน้าที่ตามปกติ
