ความแตกต่างที่สำคัญระหว่าง CDS และ ORF คือ CDS คือลำดับนิวคลีโอไทด์ที่แท้จริงของยีนซึ่งแปลเป็นโปรตีนในขณะที่ ORF เป็นลำดับดีเอ็นเอที่ขยายออกไปซึ่งเริ่มต้นด้วยไซต์เริ่มต้นการแปล (start codon) และลงท้ายด้วย เว็บไซต์ยุติการแปล (stop codon).
ยีนมีลำดับการเข้ารหัส (CDS) ประกอบด้วยยีนทั้งหมดและ codon เริ่มต้นและ codon หยุด เป็นส่วนที่แท้จริงของยีนที่แปลและผลิตโปรตีน กรอบการอ่านแบบเปิดหรือ ORF เป็นลำดับนิวคลีโอไทด์ที่อยู่ระหว่าง codon เริ่มต้นและ codon หยุด ไม่มี codon หยุดภายใน ORF ขัดจังหวะรหัสพันธุกรรมซึ่งแปลเป็นโปรตีนในโปรคาริโอต CDS และ ORF ของยีนเหมือนกัน
ซีดีคืออะไร
CDS หรือลำดับการเข้ารหัสเป็นส่วนหนึ่งของยีนที่แปลเป็นโปรตีนจริงๆ ประกอบด้วย exons และ codon สองตัวที่เรียกว่า AUG codon และ stop codon CDS ไม่มีพื้นที่ที่ไม่ได้แปลสองส่วน: 5’ UTR และ 3” UTR นอกจากนี้ อินตรอนไม่รวมอยู่ใน CDS
รูปที่ 01: ลำดับการเข้ารหัส
เมื่อเปรียบเทียบกับจีโนมทั้งหมดของแต่ละบุคคล ลำดับการเข้ารหัสเป็นเพียงเศษเสี้ยวเล็กๆ ลำดับการเข้ารหัสประกอบด้วยลำดับนิวคลีโอไทด์ที่จำเป็นเพื่อสร้างลำดับกรดอะมิโนของโปรตีน ดังนั้น CDS จึงเป็นเอ็กซอนเข้มข้นซึ่งสามารถแบ่งออกเป็นแฝดสามของนิวคลีโอไทด์หรือโคดอน โคดอนก่อให้เกิดกรดอะมิโน
ORF คืออะไร
กรอบการอ่านแบบเปิดหรือ ORF คือช่วงต่อเนื่องของลำดับนิวคลีโอไทด์ที่ขึ้นต้นด้วย codon เริ่มต้นและสิ้นสุดด้วย codon หยุดพูดง่ายๆ ก็คือ ORF หมายถึงบริเวณของลำดับนิวคลีโอไทด์ที่อยู่ระหว่าง codon เริ่มต้นและหยุด ในระหว่างนั้น ไม่มี codon หยุดขัดขวาง ORF ลำดับนิวคลีโอไทด์ระหว่าง codon เริ่มต้นและหยุดเข้ารหัสสำหรับกรดอะมิโน โดยทั่วไป codon เริ่มต้นคือ ATG ในขณะที่ codon หยุดคือ TAG, TAA และ TGA ORF ให้โปรตีนที่ใช้งานได้เมื่อคัดลอกและแปล ดังนั้น ORF จึงรวม codon เริ่มต้น codon หลายตัวในภูมิภาคกลางและ codon หยุด น่าสนใจ ORF มีความยาวซึ่งสามารถหารด้วยสาม
รูปที่ 02: เปิดกรอบการอ่าน
ในโปรคาริโอต เนื่องจากไม่มีอินตรอน ORF คือลำดับการเข้ารหัสของยีนที่ถ่ายทอดโดยตรงไปยัง mRNA ดังนั้น CDS และ PRF จึงเหมือนกันในโปรคาริโอต เมื่อค้นหายีนในโปรคาริโอต ง่ายต่อการตรวจหา ORF และค้นหายีนในโปรคาริโอตในยูคาริโอต เนื่องจากมีอินตรอน ORF คือลำดับโคดอนที่ก่อตัวขึ้นหลังจากการประมวลผลหรือการประกบอาร์เอ็นเอ ORF เป็นหลักฐานชิ้นหนึ่งที่ช่วยทำนายยีนตราบใดที่ ORF มีแนวโน้มที่จะเป็นส่วนหนึ่งของยีน
ความคล้ายคลึงกันระหว่าง CDS และ ORF คืออะไร
- ในโปรคาริโอต CDS และ ORF เหมือนกัน
- มี codon เริ่มต้นและหยุด codon
- พวกมันมีจำนวนนิวคลีโอไทด์ซึ่งสามารถหารด้วยสามได้
- เมื่อแปลแล้ว ก็จะสร้างลำดับกรดอะมิโน
ความแตกต่างระหว่าง CDS และ ORF คืออะไร
CDS เป็นส่วนที่แท้จริงของยีนที่แปลเป็นโปรตีนในขณะที่ ORF เป็น DNA ที่ยืดออกระหว่าง codon เริ่มต้นและ codon หยุด นี่คือข้อแตกต่างที่สำคัญระหว่าง CDS และ ORF นอกจากนี้ CDS ไม่มีอินตรอน แต่ ORF อาจมีอินตรอน CDS ถ่ายทอดอย่างสมบูรณ์เป็นลำดับ mRNA ที่สมบูรณ์ ในขณะที่ ORF สามารถเป็นส่วนหนึ่งของลำดับ mRNA ได้ดังนั้น นี่คือความแตกต่างระหว่าง CDS และ ORF
ด้านล่างอินโฟกราฟิกแยกความแตกต่างระหว่าง CDS และ ORF
สรุป – CDS vs ORF
CDS และ ORF เป็นสองส่วนสำคัญของยีน CDS หมายถึงบริเวณที่แท้จริงของ DNA ที่แปลเป็นโปรตีน ORF เป็นลำดับของ DNA ที่เริ่มต้นด้วย codon เริ่มต้น “ATG” และจบลงด้วย codon สิ้นสุดสามตัว (TAA, TAG หรือ TGA) ORF อาจเป็นส่วนหนึ่งของ mRNA ที่สมบูรณ์ของยีน อย่างไรก็ตาม ลำดับการเข้ารหัสของยีนถ่ายทอดเพื่อให้ลำดับ mRNA สมบูรณ์ CDS ทั้งหมดเป็น ORF แต่ไม่ใช่ว่า ORF ทั้งหมดจะเป็น CDS ดังนั้นจึงสรุปความแตกต่างระหว่าง CDS และ ORF
