ความแตกต่างที่สำคัญระหว่างการทำโปรไฟล์โพลีโซมและการทำโปรไฟล์ไรโบโซมคือการทำโปรไฟล์โพลีโซมจะวิเคราะห์พฤติกรรมของไรโบโซมโดยใช้ทั้งไรโบโซมและ mRNA (โพลีโซม) ระหว่างการแปล ในขณะที่การทำโปรไฟล์ไรโบโซมจะวิเคราะห์พฤติกรรมของไรโบโซมโดยใช้ลำดับ mRNA ระหว่างการแปลเท่านั้น
การแปลเป็นขั้นตอนที่สองของการสังเคราะห์โปรตีนที่แปลงข้อมูลใน mRNA เป็นลำดับกรดอะมิโน Translatomics คือการศึกษา ORF (กรอบการอ่านแบบเปิด) ที่ได้รับการแปลอย่างแข็งขันในเซลล์ของสิ่งมีชีวิต เทคนิคการทำโปรไฟล์โพลีโซมและไรโบโซมเป็นเทคนิคสองประเภทในด้านชีววิทยาระดับโมเลกุลเพื่อประเมินและอนุมานพารามิเตอร์ที่แตกต่างกันในบริบทของการวิเคราะห์ทรานสลาโทม
Polysome Profiling คืออะไร
การทำโปรไฟล์โพลีโซมเป็นเทคนิคที่อนุมานสถานะของการแปล mRNA จำเพาะโดยการวิเคราะห์พฤติกรรมของทั้งไรโบโซมและ mRNA (โพลีโซม) กล่าวอีกนัยหนึ่ง เทคนิคนี้ให้ข้อมูลและข้อสรุปเกี่ยวกับความสัมพันธ์ของ mRNA กับไรโบโซม โพลีโซมหมายถึงกลุ่มของไรโบโซมที่จับกับ mRNA ซึ่งปรากฏอยู่ในระยะการยืดตัวของการแปล
รูปที่ 01: โปรไฟล์ Polysome
การทำโปรไฟล์โพลีโซมต้องใช้เซลล์ไลเสต จากนั้นจึงหมุนเหวี่ยง จากนั้นตัวอย่างที่ถูกหมุนเหวี่ยงจะถูกแยกออกตามความหนาแน่นของพวกมันเพื่อระบุลักษณะเฉพาะของหน่วยย่อยขนาดเล็กและขนาดใหญ่ของไรโบโซมและ mRNA ที่สอดคล้องกันซึ่งเกี่ยวข้องกับการก่อตัวของโพลีโซมนอกจากนี้ กระบวนการนี้ยังเกี่ยวข้องกับการวัดความหนาแน่นของแสงด้วย ผู้เชี่ยวชาญจำเป็นต้องทำโปรไฟล์ polysome
เทคนิคการทำโปรไฟล์ Polysome เป็นเครื่องมือสำคัญสำหรับการใช้งานจำนวนมาก นักวิทยาศาสตร์ใช้เทคนิคนี้เพื่อศึกษาระดับการแปลในเซลล์ โดยเฉพาะอย่างยิ่ง เป็นเครื่องมือในการให้ข้อมูลที่ถูกต้องเกี่ยวกับการศึกษาโปรตีนแต่ละตัวและ mRNA จำเพาะของโปรตีน ในบริบทของการศึกษาระดับการแปลของ mRNA เฉพาะ เทคนิคการทำโปรไฟล์โพลีโซมมีความสำคัญ ที่นี่ ลำดับ 3 และ 5 ของ mRNA สามารถตรวจสอบได้โดยอ้างอิงถึงผลกระทบต่อปริมาณของ mRNA ที่ผลิตและระดับการแปล
การสร้างโปรไฟล์ไรโบโซมคืออะไร
การทำโปรไฟล์ไรโบโซมเป็นเทคนิคที่วิเคราะห์พฤติกรรมของไรโบโซมที่สัมพันธ์กับ mRNA ของมันระหว่างการแปล เทคนิคนี้ถูกค้นพบและพัฒนาโดย Joan Steitz และ Marilyn Kozak ภายหลังเทคโนโลยีนี้ได้รับการพัฒนาเพิ่มเติมโดยนักวิทยาศาสตร์สองคนคือ Nicholas และ Jonathan ร่วมกับการจัดลำดับยุคหน้า ซึ่งนำไปสู่การพัฒนาเทคนิคที่เกี่ยวข้องต่างๆ เช่น วิธีการ Translating Ribosome Affinity Purification (TRAP)
รูปที่ 02: การจัดลำดับไรโบโซม
ขั้นตอนการทำโปรไฟล์ไรโบโซมเกี่ยวข้องกับการแยก mRNA การกำจัด RNA ที่ไม่จับกับไรโบโซม และการแยก mRNA ที่จับกับไรโบโซม ตามขั้นตอนนี้ mRNA isolate จะถูกคัดลอกย้อนกลับ และเกิดการสังเคราะห์ cDNA สุดท้าย ข้อมูลลำดับสามารถจัดชิดกับโปรไฟล์การแปลเพื่อสรุปลักษณะของพฤติกรรมของไรโบโซมที่สัมพันธ์กับ mRNA
การสร้างโปรไฟล์ไรโบโซมช่วยให้นักวิจัยจำนวนมากสามารถระบุและอนุมานตำแหน่งของไซต์เริ่มต้นของการแปล ส่วนเสริมของเฟรมการอ่านแบบเปิดที่แปลแล้ว (ORF) ในเซลล์หรือเนื้อเยื่อ การกระจายของไรโบโซมบน mRNA และอัตราของ การแปลไรโบโซมการทำโปรไฟล์ไรโบโซมเรียกอีกอย่างว่ารอยเท้าไรโบโซมหรือ Ribo Seq.
ความคล้ายคลึงกันระหว่างการทำโปรไฟล์ Polysome และการทำโปรไฟล์ไรโบโซม
- การทำโปรไฟล์โพลีโซมและไรโบโซมเป็นเทคนิคทางอณูชีววิทยาที่สำคัญในการวิจัย
- พวกเขาให้ข้อมูลเกี่ยวกับขั้นตอนการแปล
- กระบวนการสร้างโปรไฟล์ทั้งสองให้ข้อมูลผ่านการวิเคราะห์ของนักแปล
- ผู้เชี่ยวชาญมืออาชีพจำเป็นต้องทำทั้งสองเทคนิคเพื่อผลลัพธ์ที่แม่นยำ
- เครื่องมือชีวสารสนเทศมีบทบาทสำคัญในทั้งสองเทคนิค
ความแตกต่างระหว่างการทำโปรไฟล์ Polysome และการทำโปรไฟล์ไรโบโซม
การทำโปรไฟล์โพลีโซมจะวิเคราะห์พฤติกรรมของไรโบโซมโดยใช้ทั้งไรโบโซมและ mRNA (โพลีโซม) ระหว่างการแปล ในขณะที่การทำโปรไฟล์ของไรโบโซมจะวิเคราะห์พฤติกรรมของไรโบโซมโดยใช้ลำดับ mRNA ระหว่างการแปลเท่านั้นดังนั้น นี่คือข้อแตกต่างที่สำคัญระหว่างการทำโปรไฟล์โพลีโซมและการทำโปรไฟล์ไรโบโซม นอกจากนี้ การทำโปรไฟล์โพลีโซมยังเกี่ยวข้องกับเทคนิคต่างๆ เช่น การปั่นเหวี่ยงเกรเดียนท์ของความหนาแน่นและการวัดความหนาแน่นเชิงแสง ในขณะที่การทำโปรไฟล์ไรโบโซมเกี่ยวข้องกับเทคนิคการสกัด mRNA และเทคนิคการหาลำดับ นอกจากนี้ การทำโปรไฟล์ไรโบโซมนั้นแม่นยำกว่าการทำโปรไฟล์โพลีโซม
อินโฟกราฟิกด้านล่างแสดงความแตกต่างระหว่างการทำโปรไฟล์โพลีโซมและไรโบโซมในรูปแบบตารางสำหรับการเปรียบเทียบแบบเคียงข้างกัน
สรุป – การทำโปรไฟล์ Polysome กับการทำโปรไฟล์ไรโบโซม
การแปลเป็นขั้นตอนที่สองของการสังเคราะห์โปรตีนที่เกี่ยวข้องกับการแปลงข้อมูลเกี่ยวกับลำดับ mRNA เป็นลำดับกรดอะมิโน กระบวนการนี้ต้องการเทมเพลต mRNA, ไรโบโซม, กรดอะมิโน, tRNA และปัจจัยอื่นๆ การทำโปรไฟล์โพลีโซมและไรโบโซมเป็นเทคนิคทางโมเลกุลสองแบบ การทำโปรไฟล์โพลีโซมจะวิเคราะห์พฤติกรรมของไรโบโซมโดยใช้ทั้งไรโบโซมและ mRNA (โพลีโซม) ระหว่างการแปล ในขณะที่การทำโปรไฟล์ของไรโบโซมจะวิเคราะห์พฤติกรรมของไรโบโซมโดยใช้ลำดับ mRNA ระหว่างการแปลเท่านั้นการทำโปรไฟล์โพลีโซมเกี่ยวข้องกับเทคนิคต่างๆ เช่น การปั่นเหวี่ยงเกรเดียนท์ของความหนาแน่นและการวัดความหนาแน่นเชิงแสง การทำโปรไฟล์ไรโบโซมเกี่ยวข้องกับเทคนิคต่างๆ เช่น การสกัด mRNA การสังเคราะห์ cDNA และการจัดลำดับ ดังนั้น นี่จึงสรุปความแตกต่างระหว่างการทำโปรไฟล์โพลีโซมและการทำโปรไฟล์ไรโบโซม